Практикум 11. Понимание разницы между содержимым асимметрической ячейки и биологическими единицами
Биологическая единица часть содержимого асимметрической ячейки.
Для поиска структуры, у которой биологическая еденица составляет часть содержимого асимметрической ячейки
был проведен Advanced Search, с параметрами:
number of chains (Asymm. unit) = 2
number of chains (Biol. assembly) = 1
По результатам поиска была выбра структура PDB ID: 6A0E. (N-концевая аспарагин амидогидролаза (NTAN1))
На рисунке 1 приведено изображение содержимого ассиметрической ячейки. На рисунке 2 - содержимое биологической еденицы.
Рис. 1 Содержимое ассиметрической ячейки PDB ID: 6A0E.
Рис. 2.Содержимое биологической еденицы PDB ID: 6A0E.
Далее был проведен поиск структуры, у которой биологическая единица больше содержимого ассиметрической ячейки.
Advanced Search, с параметрами:
number of chains (Asymm. unit) = 1
number of chains (Biol. assembly) = 2
По результатам поиска была выбра структура PDB ID: 6HHN. (L-рамноза мутаротаза))
На рисунке 3 приведено изображение содержимого ассиметрической ячейки. На рисунке 4 - содержимое биологической еденицы.
Рис. 3. Содержимое ассиметрической ячейки PDB ID: 6HHN.
Рис. 4.Содержимое биологической еденицы PDB ID: 6HNN.
Данный фермент относится к изомеразам и катализирует превращение альфа-L-рамнопиранозы в бета-L-рамнопиранозу у E.coli.
Было обнаружено, что данный фермент находится в составе димера. Контакт между субъединицами осуществляется,
посредством водородных
связей между атомами остова (Рис.5). Активный центр каждой из субъединиц при этом располагается внутри белка.
Таким образом, формирование димера напрямую не связано с образованием активного центра. Можно предположить, что формирование димера
происходит из-за то, что их нахождение в виде мономера не выгодно, не очень стабильны.
В состоянии димера сформированные водородные связи стабилизируют структуру.
6HHN