Практикум 5. Вторичная структура
Отчет по валидации
В данном практикуме была проанализирована вторичная структура сукцинатдегидрогеназы PDB ID: 1zoy.
C помощью программы DSSP были определены элементы вторичной структуры.
Выдача программы : DSSP
Оригинальный PDB файл : PDB
Ниже на рисунке цветами выделены две альфа-спирали (фиолетовым - номер 1, желтым - 2) и два бета-листа (синим -1,
голубым -2). Нумерация аминокислотных остатков в обоих файлах одинаковая. Данные бета-листы входят в состав бета-слоя.
Длина данных элементов вторичной структуры была сравнена (по результатам DSSP и в оригинальном PDB файле).
В таблице ниже представлены полученные данные.
Tаблица
Таблица. Сравнение длин элементов вторичной структуры
| Тип вторичной структуры |
Номер |
DSSP |
PDB |
| Альфа-спираль |
1 (цепь А) |
Gly 29 - Glu 40 |
Gly 28 - Ala 41 |
| Альфа-спираль |
2 (цепь А) |
Thr 154 - Ser 166 |
Arg 153 - Leu 167 |
| Бета-лист |
1 (цепь В) |
His 29 - Asp 36 |
His 29 - Asp 36 |
| Бета-лист |
2 (цепь В) |
Ile 11 - Arg 18 |
Ile 11 - Arg 18 |
Как видно из таблицы, грацицы элементов вторичной структуры, предсказанные с помощью DSSP практически совпадают с таковыми
в PDB файле. Границы бета-листов полностью идентичны. Границы альфа-спиралей предсказанные DSSP начинаются на
1 аминокислотный
остаток позже (по ходу цепи), и заканчиваются на 1 аминокислотный остаток раньше.