Практикум 8. Совмещение структур
Для выполнения данного задания была выбрана субъединица А сукцинатдегидрогеназы (PDB ID:1ZOY).
В PDBeFold были найдены структурные гомологи. Из них для дальнейшего анализа были выбраны 2 структуры PDB ID:3VRA и
PDB ID: 2WDQ. Было получено выравнивание в .fasta формате, а также скачан файл с совмещенными структурами в
.rasmol
формате.
В дальнейщем для визуализации он был переведен в .pdb формат.
В Таблицу 1 сведены основные показатели сходства изначальной структуры и выбранны для анализа гомологов.
Tаблица 1
Таблица 1. Показатели сходства структурных гомологов для структуры PDB ID:1ZOY
| PDB ID |
RMSD |
% seq |
| 3VRA |
0.841 |
0.716 |
| 2WDQ |
1.085 |
0.549 |
Также было проведено выравнивание последовательности субъединицы для соответсвующих белков с помощью Mafft (
параметры по умолчанию). Полученое выравнивание было сравнено со структурным выравниванием.
На рисунке 1 показана часть структурного выравнивания, на рисунке 2 часть выравнивания построенного с помощью Mafft.
Mafft выравнивание
Рисунок 1. Часть структурного выравнивания.
Рисунок 2. Часть выравнивания построенного с помощью Mafft.
На 8 позиции в структурном выравнивании мы видим, что выровнены аминокислотные остатки Asp PDB ID:3VRA, Asp
PDB ID:1ZOY и Val PDB ID:2WDQ, в то время как в выравнивании, построенном просто по последовательности мы видим, что только
два аспартата выровнены. При визуализации данной позиции (рисунок 3) мы видим, что структурное выравнивание действительно
отражает правильное соответствие аминокислотных остатков в данной позиции.
Валин располагается точно в том же положении в
пространстве, что и аспартаты.
Рисунок 3. Положение Asp PDB ID:3VRA, Asp
PDB ID:1ZOY и Val PDB ID:2WDQ в 8 позиции структурного выравнивания.