Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре |
|||
# |
Имена атомов |
Длина связи (Å) |
Угол N-O-C (°) |
Альфа-спирали |
|||
1 |
N(254ALA)- O(250ALA) |
3.02 |
155.1 |
1 |
N(250ALA)- O(246GLU) |
3.05 |
154.2 |
1 |
N(246GLU)- O(242PRO) |
2.96 |
155.7 |
Бета-тяжи |
|||
1 |
N(156TYR)- O(300ILE) |
3.11 |
148.8 |
1 |
N(300ILE)- O(156TYR) |
2.99 |
145.2 |
1 |
N(158MET)- O(298VAL) |
2.96 |
167.3 |
Среднее расстояние между атомами атомами азота и кислорода в α-спирали равно 3.01Å, в β-листе - 3.02Å.
По [2],среднее расстояние между атомами азота и кислорода в α-спирали равно 2.99Å, в β-листе - 2.91Å.
Значения уголов N-O-C по [3] наиболее вероятно находятся в промежутках 100-110 или 150-160 градусов в зависимости отрасположения взаимодействующих атомов. Полученные данные немного отклоняются от второго интервала.
Таким образом, параметры водородных связей в исследованных элементах вторичной структуры являются типичными для белков.
[1]https://www.rcsb.org/structure/1ds1
[2] Baker, E. N. & Hubbard, R. E. (1984). Hydrogen bonding
in globular proteins. Progr. Biophys. Mol. Biol. 44, 97-179
[3] D. F. Stickle et al. Hydrogen Bonding in Globular Proteins