Знакомство с UniProt.
Знакомлюсь с UniProt.
Получение информации о белке.
Данные о белке через его GeneBank ID были получены с сайта UniProt. Полученнные данные представлены в таблице 1. .
| UniProt ID | UniProt AC | RefSeq ID | PDB ID | Длина белка (а.о.) | Молекулярная масса (кДа) | Рекомендуемое название |
|---|---|---|---|---|---|---|
| NIR_THIND | L0DSL2; Q5F2I3 | WP_015257125.1 | 2OT4;2ZO5;3D1I;3F29; 3FO3;3GM6;3LG1;3LGQ; 3MMO;3OWM;3RKH;3S7W; 3SCE;3UU9;4L38;4L3X; 4L3Y;4L3Z;4Q0T;4Q17; 4Q1O;4Q4U;4Q5B;4Q5C | 553 | 62345 | Cytochrome c-552 |
Поиск кластеров, содержащих белок NIR_THIND, в UniRef.
Что-то и для чего-то было сделано. Ссылаюсь на таблицу 2.
| Раздел UniRef | ID кластера | Название кластера | Размер кластера |
|---|---|---|---|
| UniRef100 | UniRef50_L0DSL2 | Cytochrome c-552 | 28 |
| UniRef90 | UniRef90_L0DSL2 | Cytochrome c-552 | 8 |
| UniRef50 | UniRef100_L0DSL2 | Cytochrome c-552 | 6 |
Uniref - это здорово!
Сеансы поиска в Uniprot.
Для знакомства с синтаксисом запросов в UniProt были проведены следующие сеансы поиска.
Поиск Цитохрома c-552
-
Поиск по рекомендованному названию своего белка.
Текст запроса: name:"cytochrome c-552"
Количество находок в Swiss-Prot: 108
Общее количество находок: 8750
-
Поиск цитохрома c-552 по названию среди белков Thioalkalivibrio nitratireducens DSM 14787
Текст запроса: name:"cytochrome c-552" taxonomy:"thioalkalivibrio nitratireducens dsm 14787"
Количество находок в Swiss-Prot: 1
Общее количество находок: 4
-
Поиск цитохрома c-552 по названию среди белков организмов семейства Ectothiorhodospiraceae
Текст запроса: name:"cytochrome c-552" taxonomy:"ectothiorhodospiraceae"
Количество находок в Swiss-Prot: 1
Общее количество находок: 26
-
Поиск цитохрома c-552 по названию среди белков организмов отдела Proteobacteria
Текст запроса: name:"cytochrome c-552" taxonomy:"proteobacteria"
Количество находок в Swiss-Prot: 92
Общее количество находок: 5187
Поиск цитохромов
-
Поиск цитохромов среди всех организмов
Текст запроса: name:"cytochrome"
Количество находок в Swiss-Prot: 7751
Общее количество находок:2583768
-
Поиск цитохромов среди ифузорий
Текст запроса: name:"cytochrome" taxonomy:"ciliophora"
Количество находок в Swiss-Prot: 6
Общее количество находок: 1940
-
Поиск цитохромов среди грибов
Текст запроса: name:"cytochrome" taxonomy:"fungi"
Количество находок в Swiss-Prot: 728
Общее количество находок: 59844
Поиск трипсинов
-
Поиск по слову "трипсин"
Текст запроса: name:trypsin
Количество находок в Swiss-Prot: 312
Общее количество находок: 23795
-
Поиск трипсинов, исключая их ингибиторы
Текст запроса: name:trypsin NOT name:inhibitor
Количество находок в Swiss-Prot: 101
Общее количество находок:19227