Cравнительный анализ канонической ДНК и стеблей тРНК

Задание 1

С помощью программы fiber пакета 3DNA были построены A-, B- и Z-формы дуплекса ДНК. Команды: 
fiber -a -seq=GATCGATCGATCGATC gatc-a.pdb
fiber -b -seq=GATCGATCGATCGATC gatc-b.pdb
fiber -z -seq=GATCGATCGATCGATC gatc-z.pdb
Структуры: A-форма, B-форма, Z-форма

Задание 2

При расмотрении B-формы ДНК (PDB: 1bna)

Азотистое основание — тимин (B/DT-20).

В сторону большой бороздки обращены атомы C4, C5, C6, C7, O4. В сторону малой бороздки обращены атомы O2, C2, N3, N1.

Рис. 1. Тимин. Красным отмечены атомы, смотрящие в большую бороздку. Синим — в малую.

Сравнение форм ДНК

Таблица 1. Сравнительная таблица форм ДНК
A-форма B-форма Z-форма
Тип спирали Правая Правая Левая
Шаг спирали, Å 28.0 33.8 42.5
Число оснований на виток 11 10 12
Ширина большой бороздки, Å 11.4 (A/DC-3---B/DG-6) 17.4 (A/DG-2---B/DT-19) 8.2 (A/DG-6---B/8MG-10)
Ширина малой бороздки, Å 16.0 (B/DG-6---A/DG-12) 8.9 (B/DT-19---A/DG-10) 15.7 (B/DC-9---A/DC-3)
Рис. 2. Структура A-формы ДНК.
Рис. 3. Структура B-формы ДНК.
Рис. 4. Структура Z-формы ДНК.

Задание 3

Моя структура РНК — PDB: 1gts. Анализируем ее с помощью программы analyze пакета 3DNA.

Рис. 5. Таблица спаренных оснований

Номера нуклеотидов, образующих стебли: 2-7 и 71-66; 49-53 и 65-61; 37-44 и 33-26; 10-12 и 25-23.

Дополнительная водородная связь только одна: 19-56.

Неканонические пары: 54U-**--58A 55U-**+-18G 37A-**--33U 38U-*---32U 44C-**--26A 13A-**+-45A 14A-**--8U 15G-**+-48C