Предсказание вторичной структуры заданной тРНК и анализ НК-белкового комплекса

Задание 1. Предсказание вторичной структуры заданной тРНК

Для тРНК (PDB: 1GTS) была предсказана вторичная структура с помощью программы einverted из пакета EMBOSS, а также с помощью алгоритма Зукера (в RNAfold).

Рис. 1. Выдача программы einverted из пакета EMBOSS для 1GTS.
Рис. 2. Cтруктура, предсказанная алгоритмом Зукера, для 1GTS.
Таблица 1. Сравнительная таблица предсказывания вторичной структуры тРНК
Позиции в структуре (find_pair) Результаты предсказания einverted Результаты предсказания RNAfold
Акцепторный стебель 2-7...71-66 1-6...69-64 1-6...69-64
D-стебель 10-12...25-23 ... 9-11...23-21
T-стебель 49-53...65-61 ... 47-51...63-59
Антикодоновый стебель 37-44...33-26 ... 29-25...37-41
Общее число канонических пар нуклеотидов 22 6 19

Задание 2. Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре

Моя структура для этого задания - 1PP8. Данный скрипт задает в JMol 3 множества атомов: кислороды 2' дезоксирибозы, кислороды фосфатов и азоты азотистых оснований. А потом по очереди выделяет множества шариками.

Таблица 2. ДНК-белковые контакты в 1PP8
Контакты атомов белка Полярные Неполярные Всего
С остатками 2'-дезоксирибозы 1 13 14
С остатками фосфорной кислоты 7 5 12
С остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки 2 4 6
С остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки 2 0 2

С помощью программы nucplot получена схема ДНК-белковых контактов. Остаток с наибольшим числом контактов - Lys79 (4 контакта). Но он связывается с сахарафосфатным остовом, поэтому не важен для распозвания последовательности. Важными для распознавания последовательности являются Lys25 и Asn81 (по 2 контакта с азотистыми основаниями).

Рис. 3. Lys79 и его контакты с ДНК.
Рис. 4. Lys25 и его контакты с ДНК.
Рис. 5. Asn25 и его контакты с ДНК.