Для выбора белка был использован расширенный поиск по базе данных UniProtKB. Для бактерии Sutcliffiella horikoshii было найдено 11801 результатов, при этом в поле Organism[OS] было указано: "Sutcliffiella horikoshii[79883]". То есть поиск был выполнен по запросу organism_id:79883.
В результате поиска был выбран белок dITP/XTP pyrophosphatase, т.к он хорошо аннотирован (Annotation score: 4/5). Существование данного белка было выведено из гомологии(Inferred from homology) с другими белками. Запись белка относится к автоматической базе TrEMBL, аналогично другим представленным белкам бактерии Sutcliffiella horikoshii.
Белок диинозинтрифосфат/ксантозинтрифосфат пирофосфатаза(dITP/XTP pyrophosphatase) экспресируется во многих организмах, в том числе и в бактерии Sutcliffiella horikoshii. Белок катализирует реакцию гидролиза диинозинтрифосфата (dITP) и ксантозинтрифосфата (XTP) до соответсвующих монофосфатов и пирофосфата
XTP + H2O = XMP + diphosphate + H+
dITP + H2O = dIMP + diphosphate + H+
Диинозинтрифосфат и ксантозинтрифосфат являются "неканоническими" нуклеотидами. Встраивание этих нуклеотидов вместо нормальных (dATP, dGTP, dCTP, dTTP) может привести к мутациям и повреждениям. Белок содержит 200 аминокислотных остатков.
1) Как было отмечено ранее, белок дИТФ/кXТФ пирофосфатаза экспресируется во многих организмах,поэтому с помощью инструментов расширеннного поска и запроса protein_name:"dITP/XTP pyrophosphatase" было найдено 38655 белков, принадлежащим различным организмам. Этот фермент не является специфичным для данной бактерии, а выполняет аналогичную функцию в других организмах.
2) Был проведен поиск других белков, катализирующих такие же реакции с помощью запроса: (cc_catalytic_activity:"dITP + H2O = dIMP + diphosphate + H+") AND (cc_catalytic_activity:"XTP + H2O = XMP + diphosphate + H+") и найдено 41791 результатов. Такие белки встречаются и в сложно организованных организмах эукариот, том числе и у человека. Из чего можно сделать вывод, что функция, которую выполняет белок dITP/XTP pyrophosphatase, фундаментально важна. И помимо dITP/XTP pyrophosphatase встречаются также другие белки с аналогичной функцией, но другим названием.
3) У данной бактерии по запросу (organism_id:79883) AND (cc_cofactor_chebi:"CHEBI:18420") получено 369 результатов. Т.е еще 369 белков содержат Mg2+ в качестве кофактора. Причем все относились к классу гидролаз (поисковой запрос:(organism_id:79883) AND (cc_cofactor_chebi:"CHEBI:18420") AND (ec:3)- 369 результатов).