1) Для поиска протеома сначала был найден индификатор геномной сборки RefSeq (GCF_002157855.1), он был взят со страницы из базы NCBI Datasets Genome.
2) С помощью найденного индификатора геномной сборки RefSeq (GCF_002157855.1) определен индификатор последней версии сборки INSDC: GCA_002157855.1.
3) Произведен поиск протеома бактерии Sutcliffiella horikoshi: поисковой запрос по UniProt Proteomes (genome_assembly:GCA_002157855.1), и найден протеом с Proteome ID UP000195573, который оказался избыточным по отношению к UP000323393.
Для вида референсных протеомов в базе нет (поисковой запрос: (taxonomy_id:79883)), поэтому был произведен поиск по таксону, который указан в качестве родительского на странице вида в базе Taxonomy (поисковой запрос: (taxonomy_id:2837511)). Нашелся только один референсный протеом (Proteome ID UP000215224), он относится к виду
Для скачивания белковых записей, принадлежащих данному протеому была использована команда:
curl 'https://rest.uniprot.org/uniprotkb/stream?compressed=true&format=txt&query=(proteome:UP000215224)' > UP000215224.swiss.gz Для оценки количества белков, обладающих какой-либо ферментативной активностью был использован расширеный поиск по базе данных UniProtKB, поисковой запрос (proteome:UP000215224) AND (ec:*). Было найдено 777 результатов.
Команда bash, которая применялась для поиска: zgrep 'CATALYTIC ACTIVITY' UP000215224.swiss.gz | wc -lОна показала, что в протеоме содержится 797 белков, обладающих ферментативной активностью.
Результаты достаточно близки, но не совпaдают, это может быть связно, например, с тем, что CATALYTIC ACTIVITY может повторятся несколько раз для одного и того же белка.
Для этого с помощью конвеера были найдены белки, которые могут быть связаны с орнитинином (поиск по белкам содержащим в своем названии "ornithine").
zcat UP000215224.swiss.gz | grep '^DE'| grep -i 'Ornithine'Результат:
DE RecName: Full=Ornithine aminotransferase {ECO:0000256|ARBA:ARBA00012924, ECO:0000256|HAMAP-Rule:MF_01689};
DE AltName: Full=Ornithine--oxo-acid aminotransferase {ECO:0000256|ARBA:ARBA00030587, ECO:0000256|HAMAP-Rule:MF_01689};
DE AltName: Full=Ornithine acetyltransferase {ECO:0000256|HAMAP-Rule:MF_01106};
DE AltName: Full=Ornithine transacetylase {ECO:0000256|HAMAP-Rule:MF_01106};
DE RecName: Full=Acetylornithine aminotransferase {ECO:0000256|HAMAP-Rule:MF_01107};
DE RecName: Full=Ornithine carbamoyltransferase {ECO:0000256|ARBA:ARBA00013007, ECO:0000256|HAMAP-Rule:MF_01109};
Как можно заметить все белки являются трансферазами участвующими в переносе амино-/ карбомоил- группы с ортинина, что свидетельсвует о наличии путей модификации орнитинина. Белков ответвенных за синтез ортинина с помощью такого конвеера не было найдено.
Также следует предположить, что отсутвие DAP (диаминопимелиновой кислоты) в клеточной стенке и замещение её на орнитин, может быть связано с отсутвием белков, которые синтезируют/транспортируют/модифицируют DAP. Чтобы это понять был использован конвеер:
zcat UP000215224.swiss.gz | grep '^DE'| grep 'DAP'Рeзультаты:
DE Short=DAP decarboxylase {ECO:0000256|HAMAP-Rule:MF_02120};
DE Short=DAPDC {ECO:0000256|HAMAP-Rule:MF_02120};
DE Short=DAP epimerase {ECO:0000256|HAMAP-Rule:MF_00197};
Результаты опровергли мою гипотезу. Ферменты так или иначе связанные с диаминопимелиновой кислотой присутвуют в протеоме бактерии. Вероятно, это может быть связано с тем, что диаминопимелиновая кислота является важным соединенем и используется в других реакциях или что белки присутсвуют в протеоме, но они не функциональны или низкоактивны.