Практикум 8

Поиск в геноме эукариота гена, кодирующего δ-субъединицу АТФ-синтазы

В геноме эукариота Hippocampus zosterae было найден ген atp5f1dБ, ему соотвествуют 2 изоформы XP_051928876.1 и XP_051928877.1 ATP synthase subunit delta, mitochondrial. Gene ID 127605417 NC_067458.1 atp5f1d

Рисунок 1. Окрестность участка из геномного браузера Gene ID 127605417, кодирующего ATP synthase subunit delta, mitochondrial (NC_067458.1). Координаты 16759684-16769130

Файл с последовательностью кодирующей белок части

Различные варианты BLAST для фрагмента ДНК

Мой организм Hippocampus zosterae является вторичноротым, поэтому поиск производился по таксону Araneae (Пауки).

База данных для поиска - refseq_genomes.

Рисунок 2. Графический результат поиска blastn 20 последовательностей
Рисунок 3. Графичекий результата поиска, что с tblastx ничего не получилось
Рисунок 4. Графичекий результата поиска, что с tblastx ничего не получилось

blastn

makeblastdb -in GCF_025434085.1_ASM2543408v3_genomic.fna -dbtype nucl -title "Genome_Database" -out db
blastn -task blastn -query C:\Users\User\Downloads\rRNA_ecoli_16S.fasta -db db -word_size 7 -evalue 0.001 -out 16s_Esh.out -outfmt 7
blastn -task blastn -query C:\Users\User\Downloads\rRNA_ecoli_23S.fasta -db db -word_size 7 -evalue 0.001 -out 23s_Esh.out -outfmt 7

Поиск Blast для 16S RNA

Поиск Blast для 23S RNA

Карты локального сходства

Для выравнивания использовались megablast и blastn