Практикум 9. Поиск предков кристаллинов с помощью PSI-BLAST

Для анализа был выбран τ-кристаллин черепахи, который был описан в статье.

Белки-кристаллины составляют 80–90% водорастворимых белков хрусталика глаза и обеспечивают его прозрачность и преломляющую способность.

В базе данных UniProt этот белок черепахи аннотирован только как альфа-енолаза, чтобы проследить эволюционное происхождение τ-кристаллина.

Первая интерация

Было обнаружено 740 находок.Все значимые находки представлены исключительно энолазами из разных организмов, с высокой степенью идентичности. Это полностью соответствует гипотезе о том, что предком кристаллина был гликолитический фермент

Вторая интерация

Число находок увеличилось до 755. PSI-BLAST строит профиль (Position-Specific Scoring Matrix, PSSM) на основе всех энолаз, найденных в первой итерации. Затем этот профиль используется для нового поиска по базе данных. Это позволяет находить значительно более отдаленных гомологов, которые не были бы найдены при простом поиске. Таким образом помимо энолаз добавилтсь ферменты надсемейсва энолаз рацемазы,эмпиразы

Третья интерация

Число находок 780.В верхней части списка по-прежнему доминируют энолазы из различных таксономических групп (позвоночные, бактерии, археи, грибы). Появились муконатциклоизомеразы,D-галактонатные дегидратазы.

Четвертая интерация

Число находок продолжает увеличиваться 911. Также добавляются дальние родственники энолаз

Пятая интерация

Число находок увеличилось до 1130.

image image image