Приведено филогенетическое дерево глобинов (не всех). В качестве контрольной группы использованы миоглобины, они отмечены красным, видно, что в этом месте структура ветвления соответствует таксономии позвоночных.

Требовалось разобраться с остальными узлами, соответствующими разным цепям гемоглобинов, установив, где это возможно, в каких отношениях по гомологии (ортологи или паралоги) они друг с другом состоят.

Правая ветвь.

Группы, отмеченные одним цветом совершенно точно являются ортологами. Важным критериеи ортологичности здесь является соответствие ветвей дерева известному таксономическомуделению.

Последовательность данио может являеться ортологом к последовательностям одной из двух групп. Точно установить ортологов для последовательности из данио, обладая только данным деревом, не представляется возможным

Последовательность из человека отмеченная серым, является паралогом к другим последовательностям из человека в в ближних группах.


Левая ветвь.

Последовательности, отмеченные бирюзовым, и одна из отмеченных жёлтым из цыпленка, являются ортологами. Какая именно последовательность из цыпленка, сказать невозможно. Сами же последовательности являются паралогами.

Последовательность из ксенопуса, отмеченная серым, является паралогом к последовательности из ксенопуса, отмеченной зеленым. В целом в при исследовании дерева явно ощущалось отсутствие некоторых ветвей.

Приведена часть филогенетического дерева глутаминсинтетаз (все белки - ортологи).

Требовалось проверить соответствие дерева таксономическому дереву организмов, раскрасить разным цветом ветви, относящиеся к разным таксонам высшего уровня (superkingdom), и предложить объяснение наблюдаемому.

Классификация представленных на дереве родов организмов:

Pasteurella: Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Pasteurellales; Pasteurellaceae
Escherichia: Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae
Sulfolobus: Archaea; Crenarchaeota; Thermoprotei; Sulfolobales; Sulfolobaceae
Archaeoglobus: Archaea; Euryarchaeota; Archaeoglobi; Archaeoglobales; Archaeoglobaceae
Pyrococcus: Archaea; Euryarchaeota; Thermococci; Thermococcales; Thermococcaceae
Methanococcus: Archaea; Euryarchaeota; Methanococci; Methanococcales; Methanococcaceae
Thermotoga: Bacteria; Thermotogae; Thermotogae (class); Thermotogales; Thermotogaceae
Halobacterium: Archaea; Euryarchaeota; Halobacteria; Halobacteriales; Halobacteriaceae
Bacillus B: Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae
Clostridium: Bacteria; Firmicutes; Clostridia; Clostridiales; Clostridiaceae
Lactococcus: Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Streptococcaceae

Топологию дерева можно описать так (одна из возможных трактовок):

Филогенетическое дерево само по себе не отвечает общепринятому представлению о таксономических отношениях прокариот - в частности, некоторые белки архей ближе к белкам Escherichia, чем белки других бактерий типа Firmicutes.

Такое несоответствие можно объяснить горизонтальным переносом.