Карта Рамачандрана

Работа с программами Excel и Rasmol



На первый взгляд на карте Рамачандрана выделяются две области сгущения: фи( -180; -30 ), пси( 90; 180); фи( -90; -45 ), пси( -65; 0 ). Но при ближайшем рассмотрении становится видно что в первой из них (области бета-структур), можно выделить две подобласти, разделённые прямой PHI = -100. Причём, как выяснилось при дальнейшей проверке, это функционально скорее всего можно назвать именно "ПОДобластью", т.к. остатки одного бета-тяжа, принадлежащие области, все в основном принадлежат именно одной подобласти, но нестрого, т.е. может найтись несколько остатков принадлежащих и другой подобласти.
Всего с углом фи больше 0 градусов в белке находится 9 типов остатков.Подавляющее большинство из них - Глицин. Понятно, что аминокислота сама определяет возможные и наиболее характерные значения фи как следствие свойств своих радикалов. Глицин в этой области выражен, т.к. его радикал - просто водород, он маленький и, вероятно, почти не накладывает как радикал каких-либо ограничений на значения угла фи.





Аминокислотные остатки с 14-го по 23-ий, принадлежат области на карте Рамачандрана фи( -180; -30 ), пси( 90; 180). Остатки данного участка составляют бета-тяж, но, похоже, каким-то непостоянным образом (об этом ещё будет чуть ниже при описании следующего выделенного участка цепи), т.е. 2 маленьких бета-тяжика с менее структурированной перемычкой. Вероятно, такая особенность находит отражение в том, что (как видно по результатам исследования карты Рамачандрана), целых два остатка (16-ый и 18-ый) в середине участка лежат в другой бета-подобласти, чем остальные остатки, принадлежащие ему. Например, в следующем выделенном длинном участке, образующем бета-тяж (но уже не рваный) бегством в другую подобласть, отличную от характерной для него, может похвастаться только один остаток, - и тот с краю.

Остатки с 77-го по 86-ой, принадлежат области на карте Рамачандрана фи( -180; -30 ), пси( 90; 180). Данная же последовательность остатков складывается в бета-тяж. Тяж входит в антипараллельный бета-лист, который состоит из трёх, а локально и четырёх тяжей (в тех местах, где лист складывается из четырёх тяжей, он имеет уже не просто антипараллельную, а смешанную природу). Тяжи с которыми данный образует бета-лист составлены остатками с 91-го по 99-ый и с 109-го по 116-ый. И, то-ли локально, то-ли нет (не очень ясно из расмола, но, скорее всего, - локально, т.к. при включении способа просмотра "cartoons" расмол не представляет данный участок полностью как плоский обрезок листа, а представляет как два маленьких обрезочка, соединённых неструктурированным участочком цепи) с участком с 14-го по 23-ий остатками, описанным выше.
Остатки с 120-го по 134-ый, принадлежат области на карте Рамачандрана фи( -90; -45 ), пси( -65; 0 ). При просмотре в расмоле последовательность атомов явно представлена, как ровненький участок а-спирали.





На первый семестр здесь.

На главную страницу здесь.