Карта Рамачандрана

  1. Измерение торсионных углов остатка Asp10 в белке DHBE_BACSU, цепь А
Название
двугранного
угла 		Угол определяется по координатам атомов Данный угол описывает
поворот вокруг связи 		Результат измерения
с помощью RasMol
φ
  • PRO9A.C
  • ASP10A.N
  • ASP10A.CA
  • ASP10A.C
 Ni — C&alphai -47,86
ψ
  • ASP10A.N
  • ASP10A.CA
  • ASP10A.C
  • ASP10A.N
 C&alphai — Ci -43,32
ω
  • ASP10A.CA
  • ASP10A.C
  • GLU11A.N
  • GLU11A.CA
 Ci — Ni+1 -179,17
Комментарий:

Названия атомов, по которым определяется угол, даны в соответствие с синтаксисом RasMol: первые три буквы — название аминокислоты, потом записан её номер и индикатор цепи; после точки — атом (углерод карбоксильной группы — C, C&alpha — CA, азот аминогруппы — N). Например, PRO9A.C — карбонильный углерод пролина, 9-го остатка цепи А.

  1. Схема нахождения угла
схема того, как определять углы фи и пси

скрипт для получения изображения


  1. Карты Рамачандрана

Карта Рамачандрана для множества свех остатков (all), остатков глицина (Gly), и пролина (Pro) белка DhbE.

рамакарта для пролина и глицина

Для большинства аминокислот в составе DhbE характерны значения φ [-175; -25] и ψ [-75; 180]

Значительную часть аминокислот, значения углов которых лежат в других интервалах, составляет глицин. Это, вероятно, связано с тем, что радикал глицина(водород) не сильно затрудняет вращение вокруг связей Ni — C&alphai и C&alphai — Ci

Значение угла φ у пролина лежит в относительно узкой области: [-100; -25]. Что, вероятно, связано со строением иминокислоты: её гетероцикл сильно ограничивает вращение вокруг Ni — C&alphai.



Карта Рамачандрана для множества всех остатков  (all), остатов, входящих в состав α-спиралей (helix) и остатков, входящих в состав β-листов (sheet) белка DhbE.

рамакарта для спиралей и листов

Для остатков α-спиралей и β-складок характерны относительно узкие интервалы φ и ψ, что, вероятно, связано с их регулярностью и тем, что водородные связи в их структуре ограничивают вращение.

α-спирали: φ [-125; -25] и ψ [-75; 25]

β-листы: φ [-175; -50] и ψ [100; 175]

© Eugenia Zotova