Поисковые системы MRS, SRS, UniProt

В SRS и UniProt визуализируются регулярные участки вторичной структуры и места контакта с субстратом, причём в SRS это выглядит более полезно ввиду наличия шкалы.

  • Названия каких таксонов начинаются на "bacil"?
  • bacillaceae, bacillales, bacillariaceae, bacillariales, bacillariophyceae, bacillariophycidae, bacillariophyta, bacilliform, bacilliformis, bacillisporus, bacillus
  • Сколько в банке SwissProt записей, описывающих белки из рода bacillus?
  • 39259
  • Сколько в банке SwissProt записей, описывающих белки из отдела Firmicutes?
  • 67277
Пользуясь SRS, составьте несколько запросов к банку SwissProt и заполните таблицу:
формулировка функции белкастрока запросаколичество найденных документов
Дигидроксибензоат-АМФ-лигаза.[swissprot-AllText:2,3-dihydroxybenzoate-AMP ligase]3
АТФ-связывающая лигаза, номер 6.3.2.- по классификации ферментов(([swissprot-Keywords:ATP-binding*] & [swissprot-Keywords:Ligase*]) & [swissprot-AllText:EC=6.3.2.-*]) 96
АТФ-связывающая лигаза, номер 6.3.2.- по классификации ферментов, не мембранный и не участвующий в осуществлении/регуляции клеточного цикла белок((([swissprot-Keywords:ATP-binding*] & [swissprot-Keywords:Ligase*]) ! ([swissprot-Keywords:membrane*] | [swissprot-Keywords:cell cycle])) & [swissprot-AllText:EC=6.3.2.-*]) 54
АТФ-связывающая лигаза([swissprot-Keywords:ATP-binding*] & [swissprot-Keywords:Ligase*]) 26706
ссылка на последовательности в fasta-формате, полученные первым запросом (см п. 3)
см ~/Term2/Block1/Practices/Practice2/task2_neyfakh_aa.xls

помощью программы grep на сервере kodomo посчитайте сколько записей содержится в файле с белками Bacillus subtilis

grep -xc "//" /P/y10/Term_2/Block1/Practice3/bacsu.gbk

18202

посчитайте сколько записей белков имеют от десяти до пятнадцати ссылок из литературы.

grep -c "RN ".10. /P/y10/Term_2/Block1/Practice3/bacsu.gbk

или более нормальный вариант: grep -c 'RN \[10\]' /P/y10/Term_2/Block1/Practice3/bacsu.gbk

20

grep -c "RN ".15. /P/y10/Term_2/Block1/Practice3/bacsu.gbk

0

Не меньше 10 ссылок есть у 20 записей, больше 15 нет ни у одной записи.

Ответ: 20

© Eugenia Zotova