ссылка на исходные последовательности в fasta-формате
Процент идентичности
14 / 22 * 100 = 63,64%
Процент сходства
Для всех пар, кроме NH и 14 совпавших, значение элемента матрицы BLOSUM62 отрицательно. Следовательно, в данном случае процент сходства будет:
15 / 22 * 100 = 68,18%
Координаты последовательности seq1 в полной последовательности DhbE
начало: 37й а. о.
конец: 56й а. о.
Выравнивание 2,3-дигидроксибензоат-АМФ-лигазы из Bacillus subtilis (DhbE, P40871) и вибробактин-специфичной 2,3-дигидроксибензоат-АМФ лигазы из Vibrio cholerae (VibE, P07899)
Процент идентичности: 53%
Процент сходства: 70%
Число гэпов: 5 (0%)
Координаты выровненного участка в обеих последовательностях (DhbE/VibE):
начало: 1/1
конец: 526/531
Карта локального сходства
Bыравнивание последовательносей DhbE и VibE
увеличить
ссылка на исходные последовательности в fasta-формате
| матрица | стоимость гэпа (наличие; длина) | число гэпов | % идентичности | % схожести | вес |
| BLOSUM-62 | (11,1) | 5 - 0% | 53% (279 из 531) | 70% (371 из 531) | 1506 |
| BLOSUM-80 | (11,1) | 5 - 0% | 53% (280 из 531) | 71% (374 из 531) | 1450 |
| PAM-70 | (11,1) | 5 - 0% | 53% (279 из 531) | 67% (353 из 531) | 1397 |
Матрицы PAM-70, BLOSUM-80, BLOSUM-62 при одинаковом штрафе за гэп, числе гэпов и проценте идентичности дают разные проценты схожести и, следовательно, разный вес выравнивания. Это объясняется тем, что матрицы построены на основе разных выборок аминокислонтых последовательностей. При этом матрицы PAM более строго оценивают схожесть, чем BLOSUM.
| матрица | стоимость гэпа (наличие; длина) | число гэпов | % идентичности | % схожести | вес |
| BLOSUM-62 | (11,1) | 5 - 0% | 53% (279 из 531) | 70% (371 из 531) | 1506 |
| BLOSUM-62 | (10,1) | 5 - 0% | 53% (279 из 531) | 70% (371 из 531) | 1508 |
| BLOSUM-62 | (12,1) | 5 - 0% | 53% (279 из 531) | 70% (371 из 531) | 1504 |
Для матрицы BLOSUM-62 (при разных штрафах за наличие гэпа) число гэпов, процент идентичности и схожести одинаковы, а вес выравнивания тем меньше, чем больше штраф.