- Определение веса выравнивания вручную
| K | Y | G | D | R | I | A | I | T | C | G | N | T | H | W | - | S | Y | R | E | L | - |
| K | K | G | T | R | I | A | I | T | C | G | H | - | H | W | V | S | Y | P | E | F | K |
| 5 | -2 | 6 | -1 | 5 | 4 | 4 | 4 | 5 | 9 | 6 | 1 | -12 | 8 | 11 | -12 | 4 | 7 | -2 | 5 | 0 | -12 |
матрица BLOSUM62
Вес выравнивания: 43
- То же, но с помошью программы stretcher, которая стоит у нас на сервере
Результат:
# Length: 22 # Identity: 14/22 (63.6%) # Similarity: 15/22 (68.2%) # Gaps: 3/22 (13.6%) # Score: 43
Выравнивание, выданное программой, совпало со сделанным мной ранее и представленным в п. 1., и вес тоже совпал.
Так получилось потому, что при составлении выравнивания к практике 5, я выбирала пары с максимальным весом по матрице BLOSUM62, иначе вес "ручного" выравнивания мог бы быть меньше.
- Выравнивание DhbE и VibE в программах needle и water
Результат needle (полное=глобальное выравнивание):
# Length: 547 # Identity: 280/547 (51.2%) # Similarity: 376/547 (68.7%) # Gaps: 12/547 ( 2.2%) # Score: 1457.5
Результат water (частичное=локальное выравнивание):
# Length: 531 # Identity: 279/531 (52.5%) # Similarity: 371/531 (69.9%) # Gaps: 5/531 ( 0.9%) # Score: 1461.5
а. В частичное выравнивание вошли участки:
DhbE: 1-526
VibE: 1-531
b. Локальное и глобальное выравнивания на участке, указанном в п. a полностью совпадают.
с.Больший вес имеет частичное выравнивание: 1461,5.
При тех же параметрах, вес глобального выравнивания не будет превышать веса локального. Допустим, участки, вошедшие в частичное выравнивание, совпали с глобальным, тогда, если только выравнивания полностью не совпадают, главное выравнивание будет оштрафовано за гэпы между выровненными участками. Следовательно, в глобальном выравнивании не может быть меньше гэпов, чем в локальном, и оно будет весить меньше или столько же.
- Получение карты локального сходства DhbE и VibE в программе dotmatcher
Карта локального сходства DhbE и VibE
Из карты локального сходства видно, что все субоптимальные выравнивания довольно короткие.
- Получение субоптимальных локальных выравниваний DhbE и VibE в программе matcher.
Результат matcher:
#=======================================
#
# Aligned_sequences: 2
# 1: DHBE_BACSU
# 2: VIBE_VIBCH
# Matrix: EBLOSUM62
# Gap_penalty: 14
# Extend_penalty: 4
#
# Length: 15
# Identity: 5/15 (33.3%)
# Similarity: 12/15 (80.0%)
# Gaps: 0/15 ( 0.0%)
# Score: 33
#
#
#=======================================
350 360
DHBE_B IIVNTQGKPMSPYDE
..:. ::.:.. .:
VIBE_V LVVDEQGQPVASGEE
370 380
#=======================================
#
# Aligned_sequences: 2
# 1: DHBE_BACSU
# 2: VIBE_VIBCH
# Matrix: EBLOSUM62
# Gap_penalty: 14
# Extend_penalty: 4
#
# Length: 13
# Identity: 7/13 (53.8%)
# Similarity: 10/13 (76.9%)
# Gaps: 0/13 ( 0.0%)
# Score: 32
#
#
#=======================================
120 130
DHBE_B EFAEAAAYIIPDA
.:.:::: .: :
VIBE_V KFSEAAARRLPKA
320
#=======================================
#
# Aligned_sequences: 2
# 1: DHBE_BACSU
# 2: VIBE_VIBCH
# Matrix: EBLOSUM62
# Gap_penalty: 14
# Extend_penalty: 4
#
# Length: 20
# Identity: 5/20 (25.0%)
# Similarity: 11/20 (55.0%)
# Gaps: 0/20 ( 0.0%)
# Score: 31
#
#
#=======================================
210 220
DHBE_B HDDYIYSLKRSVEVCWLDHS
: . .: . . :.::.
VIBE_V HKITVTALVPPLALLWMDHA
280 290
#---------------------------------------
#---------------------------------------
Все полученные субоптимальные выравнивания сильно короче оптимального и значительно меньше по весу.