- Поиск гипотетических гомологов DhbE в разных банках данных.
| Поиск по "nr" | Поиск по Swiss-Prot | Поиск по PDB | |
| Лучшая находка | |||
| Accession | NP_391078.1 | P40871.2 | 1MDB_A |
| E-value | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| вес (в битах) | 1110 | 1110 | 1103 |
| процент идентичности | 100% | 100% | 100% |
| Сколько хороших кандидатов в гомологи найдено? (число находок в списке описаний с E-value < 1e-10) | > 20000 | 425 | 38 |
| "Худшая из удовлетворительных" находка (последняя в выдаче с E-value < 1) | |||
| Номер находки в списке описаний | 20000 | 586 | 48 |
| Accession | EDN59693.1 | Q10777 | 2RF5_A |
| E-value | 6e-11 | 0.83 | 0.51 |
| Вес (в битах) | 73.9 | 35.8 | 32.3 |
| % идентичности | 122/542 (23%) | 21/86 (24%) | 27/108 (25%) |
| % сходства | 206/542 (38%) | 39/86 (45%) | 40/108 (37%) |
| Длина выравнивания | 542 | 86 | 108 |
| Координаты выравнивания (от-до, в запросе и в находке) | 52-532; 124-650 | 47-132; 64-149 | 149-249; 120-223 |
| Число гэпов | 76/542 (14%) | 0/86 (0%) | 11/108 (10%) |
Комментарий:
Удалось найти исходный белок в Swiss-Prot и "nr", а его структуру в PDB.
Число явных гомологов
Поиск с настройками по умолчанию(E-value=10, лимит выдачи = 100.)
| Поиск по "nr" | Поиск по Swiss-Prot | Поиск по PDB | |
| Всего находок | 100 | 100 | 62 |
| E-value последней | 1e-178 | 5e-28 | 8.8 |
| Число находок лимитировано | размером выдачи | размером выдачи | E-value |
- Поиск гипотетических гомологов DhbE с фильтром по таксонам
| Номер находки в списке описаний | 1 |
| Accession | P41636.1 |
| Организм | Pinus taeda = Сосна ладанная |
| E-value | 2e-39 |
| Вес (в битах) | Score = 162 bits (411) |
| % идентичности | 146/524 (28%) |
| % сходства | 243/524 (46%) |
| Длина выравнивания | 524 |
| Координаты выравнивания (от-до, в запросе и в находке) |
33-532, 33-537 |
| Число гэпов | 43/524 (8%) |
- Сравнение выравниваний, выданных программой BLASTP, с оптимальными глобальным и локальным выравниваниями
Выравнивание, выданное BLASTP
>sp|P41636.1|4CL_PINTA RecName: Full=4-coumarate--CoA ligase; Short=4CL; AltName:
Full=4-coumaroyl-CoA synthase
Length=537
Score = 162 bits (411), Expect = 2e-39, Method: Compositional matrix adjust.
Identities = 146/524 (28%), Positives = 243/524 (46%), Gaps = 43/524 (8%)
Query 33 DRAAKYGDRIAITCGNTH--WSYRELDTRADRLAAGFQKLGIQQMDRVVVQLPNIKEFFE 90
+R A++ DR + G T + + E++ + ++AAG KLG+QQ V++ LPN EF
Sbjct 33 ERVAEFADRPCLIDGATDRTYCFSEVELISRKVAAGLAKLGLQQGQVVMLLLPNCIEFAF 92
Query 91 VIFALFRLGALPVFALPSHRSSEITYFCEFAEAAAYIIPDAY----SGFDYRSLARQVQS 146
V GA+ A P ++ EI + A A + AY + +
Sbjct 93 VFMGASVRGAIVTTANPFYKPGEIAKQAKAAGARIIVTLAAYVEKLADLQSHDVLVITID 152
Query 147 KLPT--LKNIIVAGEAEEFLPLEDLHAEPVKLPEVK--SSDVAFLQLSGGSTGLSKLIPR 202
P ++I V EA+E + P VK DV L S G+TGL K +
Sbjct 153 DAPKEGCQHISVLTEADE-----------TQCPAVKIHPDDVVALPYSSGTTGLPKGVML 201
Query 203 THDDYIYSLKRSVE----VCWLDHSTVYLAALPMAHNYPLSSPGVLGVLYAGGRVVLSPS 258
TH + S+ + V+ + V L LP+ H Y L+S +L L AG ++
Sbjct 202 THKGLVSSVAQQVDGENPNLYFHSDDVILCVLPLFHIYSLNSV-LLCALRAGAATLIMQK 260
Query 259 PSPDDAFPLIEREKVTITALVPPLAMVWMDAASSRRDDLSSLQVLQVGGAKFSAEAA--- 315
+ LI++ KVT+ +VPP+ + + + D+SS++++ G A E
Sbjct 261 FNLTTCLELIQKYKVTVAPIVPPIVLDITKSPIVSQYDVSSVRIIMSGAAPLGKELEDAL 320
Query 316 --RRVKAVFGCTLQQVFGMAEG----LVNYTRLDDPEEIIVNTQGKPMSPYDEMRVWDDH 369
R KA+FG Q +GM E +N +P + + G + ++++ D
Sbjct 321 RERFPKAIFG----QGYGMTEAGPVLAMNLAFAKNPFPVKSGSCGTVVR-NAQIKILDTE 375
Query 370 DRDVKP-GETGHLLTRGPYTIRGYYKAEEHNAASFTEDGFYRTGDIVRLTRDGYIVVEGR 428
+ P + G + RGP ++GY E AA+ E+G+ TGD+ + D I + R
Sbjct 376 TGESLPHNQAGEICIRGPEIMKGYINDPESTAATIDEEGWLHTGDVEYIDDDEEIFIVDR 435
Query 429 AKDQINRGGEKVAAEEVENHLLAHPAVHDAAMVSMPDQFLGERSCVFIIPRDEAPKAAEL 488
K+ I G +VA E+E L+AHP++ DAA+V + GE F++ E + E+
Sbjct 436 VKEIIKYKGFQVAPAELEALLVAHPSIADAAVVPQKHEEAGEVPVAFVVKSSEISE-QEI 494
Query 489 KAFLRERGLAAYKIPDRVEFVESFPQTGVGKVSKKALREAISEK 532
K F+ ++ + YK RV FV++ P++ GK+ +K LR ++ K
Sbjct 495 KEFVAKQ-VIFYKKIHRVYFVDAIPKSPSGKILRKDLRSRLAAK 537
Полное выравнивание, выданное программой needle
# Aligned_sequences: 2
# 1: DHBE_BACSU
# 2: 4CL_PINTA
# Matrix: EBLOSUM62
# Gap_penalty: 11.0
# Extend_penalty: 1.0
#
# Length: 575
# Identity: 151/575 (26.3%)
# Similarity: 249/575 (43.3%)
# Gaps: 74/575 (12.9%)
# Score: 407.0
#
#
#=======================================
DHBE_BACSU 1 MLKGFTPWPDELAETYRKNGCWAGETFGDL-----------LRDRAAKYG 39
:|...:|..........|: ..:|.|::.
4CL_PINTA 1 -----------MANGIKKVEHLYRSKLPDIEISDHLPLHSYCFERVAEFA 39
DHBE_BACSU 40 DRIAITCGNTHWSY--RELDTRADRLAAGFQKLGIQQMDRVVVQLPNIKE 87
||..:..|.|..:| .|::..:.::|||..|||:||...|::.|||..|
4CL_PINTA 40 DRPCLIDGATDRTYCFSEVELISRKVAAGLAKLGLQQGQVVMLLLPNCIE 89
DHBE_BACSU 88 FFEVIFALFRLGALPVFALPSHRSSEITYFCEFAEAAAYIIPDAYSGFDY 137
|..|.......||:...|.|.::..||....:.|.|...:...||
4CL_PINTA 90 FAFVFMGASVRGAIVTTANPFYKPGEIAKQAKAAGARIIVTLAAY----- 134
DHBE_BACSU 138 RSLARQVQSKLPTLKNIIVAGEAEEFLPLED-------LHAEPVKLPEVK 180
..||..|::..|.....:..|.|. ..|:..:.|.||
4CL_PINTA 135 -------VEKLADLQSHDVLVITIDDAPKEGCQHISVLTEADETQCPAVK 177
DHBE_BACSU 181 --SSDVAFLQLSGGSTGLSKLIPRTHDDYIYSLKRSVE----VCWLDHST 224
..||..|..|.|:|||.|.:..||...:.|:.:.|: ..:.....
4CL_PINTA 178 IHPDDVVALPYSSGTTGLPKGVMLTHKGLVSSVAQQVDGENPNLYFHSDD 227
DHBE_BACSU 225 VYLAALPMAHNYPLSSPGVLGVLYAGGRVVLSPSPSPDDAFPLIEREKVT 274
|.|..||:.|.|.|:|. :|..|.||...::....:......||::.|||
4CL_PINTA 228 VILCVLPLFHIYSLNSV-LLCALRAGAATLIMQKFNLTTCLELIQKYKVT 276
DHBE_BACSU 275 ITALVPPLAMVWMDAASSRRDDLSSLQVLQVGGAKFSAE-----AARRVK 319
:..:|||:.:....:....:.|:||::::..|.|....| ..|..|
4CL_PINTA 277 VAPIVPPIVLDITKSPIVSQYDVSSVRIIMSGAAPLGKELEDALRERFPK 326
DHBE_BACSU 320 AVFGCTLQQVFGMAEG----LVNYTRLDDPEEIIVNTQGKPMSPYDEMRV 365
|:|| |.:||.|. .:|.....:|..:...:.|..:. ..::::
4CL_PINTA 327 AIFG----QGYGMTEAGPVLAMNLAFAKNPFPVKSGSCGTVVR-NAQIKI 371
DHBE_BACSU 366 WDDHDRDVKP-GETGHLLTRGPYTIRGYYKAEEHNAASFTEDGFYRTGDI 414
.|....:..| .:.|.:..|||..::||....|..||:..|:|:..|||:
4CL_PINTA 372 LDTETGESLPHNQAGEICIRGPEIMKGYINDPESTAATIDEEGWLHTGDV 421
DHBE_BACSU 415 VRLTRDGYIVVEGRAKDQINRGGEKVAAEEVENHLLAHPAVHDAAMVSMP 464
..:..|..|.:..|.|:.|...|.:||..|:|..|:|||::.|||:|...
4CL_PINTA 422 EYIDDDEEIFIVDRVKEIIKYKGFQVAPAELEALLVAHPSIADAAVVPQK 471
DHBE_BACSU 465 DQFLGERSCVFIIPRDEAPKAAELKAFLRERGLAAYKIPDRVEFVESFPQ 514
.:..||....|::...|..: .|:|.|:.:: :..||...||.||::.|:
4CL_PINTA 472 HEEAGEVPVAFVVKSSEISE-QEIKEFVAKQ-VIFYKKIHRVYFVDAIPK 519
DHBE_BACSU 515 TGVGKVSKKALREAISEKLLAGFKK 539
:..||:.:|.||..::.|
4CL_PINTA 520 SPSGKILRKDLRSRLAAK------- 537
Частичное выравнивание, выданное программой water
# Aligned_sequences: 2
# 1: DHBE_BACSU
# 2: 4CL_PINTA
# Matrix: EBLOSUM62
# Gap_penalty: 11.0
# Extend_penalty: 1.0
#
# Length: 525
# Identity: 148/525 (28.2%)
# Similarity: 243/525 (46.3%)
# Gaps: 45/525 ( 8.6%)
# Score: 431.0
#
#
#=======================================
DHBE_BACSU 33 DRAAKYGDRIAITCGNTHWSY--RELDTRADRLAAGFQKLGIQQMDRVVV 80
:|.|::.||..:..|.|..:| .|::..:.::|||..|||:||...|::
4CL_PINTA 33 ERVAEFADRPCLIDGATDRTYCFSEVELISRKVAAGLAKLGLQQGQVVML 82
DHBE_BACSU 81 QLPNIKEFFEVIFALFRLGALPVFALPSHRSSEITYFCEFAEAAAYIIPD 130
.|||..||..|.......||:...|.|.::..||....:.|.|...:...
4CL_PINTA 83 LLPNCIEFAFVFMGASVRGAIVTTANPFYKPGEIAKQAKAAGARIIVTLA 132
DHBE_BACSU 131 AYSGFDYRSLARQVQSKLPTLKNIIVAGEAEEFLPLED-------LHAEP 173
|| ..||..|::..|.....:..|.|. ..|:.
4CL_PINTA 133 AY------------VEKLADLQSHDVLVITIDDAPKEGCQHISVLTEADE 170
DHBE_BACSU 174 VKLPEVK--SSDVAFLQLSGGSTGLSKLIPRTHDDYIYSLKRSVE----V 217
.:.|.|| ..||..|..|.|:|||.|.:..||...:.|:.:.|: .
4CL_PINTA 171 TQCPAVKIHPDDVVALPYSSGTTGLPKGVMLTHKGLVSSVAQQVDGENPN 220
DHBE_BACSU 218 CWLDHSTVYLAALPMAHNYPLSSPGVLGVLYAGGRVVLSPSPSPDDAFPL 267
.:.....|.|..||:.|.|.|:|. :|..|.||...::....:......|
4CL_PINTA 221 LYFHSDDVILCVLPLFHIYSLNSV-LLCALRAGAATLIMQKFNLTTCLEL 269
DHBE_BACSU 268 IEREKVTITALVPPLAMVWMDAASSRRDDLSSLQVLQVGGAKFSAE---- 313
|::.|||:..:|||:.:....:....:.|:||::::..|.|....|
4CL_PINTA 270 IQKYKVTVAPIVPPIVLDITKSPIVSQYDVSSVRIIMSGAAPLGKELEDA 319
DHBE_BACSU 314 -AARRVKAVFGCTLQQVFGMAEG----LVNYTRLDDPEEIIVNTQGKPMS 358
..|..||:|| |.:||.|. .:|.....:|..:...:.|..:.
4CL_PINTA 320 LRERFPKAIFG----QGYGMTEAGPVLAMNLAFAKNPFPVKSGSCGTVVR 365
DHBE_BACSU 359 PYDEMRVWDDHDRDVKP-GETGHLLTRGPYTIRGYYKAEEHNAASFTEDG 407
..::::.|....:..| .:.|.:..|||..::||....|..||:..|:|
4CL_PINTA 366 -NAQIKILDTETGESLPHNQAGEICIRGPEIMKGYINDPESTAATIDEEG 414
DHBE_BACSU 408 FYRTGDIVRLTRDGYIVVEGRAKDQINRGGEKVAAEEVENHLLAHPAVHD 457
:..|||:..:..|..|.:..|.|:.|...|.:||..|:|..|:|||::.|
4CL_PINTA 415 WLHTGDVEYIDDDEEIFIVDRVKEIIKYKGFQVAPAELEALLVAHPSIAD 464
DHBE_BACSU 458 AAMVSMPDQFLGERSCVFIIPRDEAPKAAELKAFLRERGLAAYKIPDRVE 507
||:|....:..||....|::...|..: .|:|.|:.:: :..||...||.
4CL_PINTA 465 AAVVPQKHEEAGEVPVAFVVKSSEISE-QEIKEFVAKQ-VIFYKKIHRVY 512
DHBE_BACSU 508 FVESFPQTGVGKVSKKALREAISEK 532
||::.|::..||:.:|.||..::.|
4CL_PINTA 513 FVDAIPKSPSGKILRKDLRSRLAAK 537
Комментарий:
Сравнительная таблица
| blastp | needle | water | |
| score | 411 | 407 | 431 |
| Длина выравнивания | 524 | 575 | 525 |
| % идентичности | 28% | 26.3% | 28.2% |
| % сходства | 46% | 43.3% | 46.3% |
Полное выравнивание needle содержит в себе частичное выравнивание water.
Частичные выравнивания, выданные blastp и water, совпадают по координатам начала и конца, незначительно отличаются на всём протяжении (смещение гэпов на 3-4 остатка в сторону), кроме участка с примерно 130ых остатков и до 185ых.
- Поиск в BLAST с изменёнными параметрами.
При выполнении задания 1, я ставила разные значения E-value и максимального размера выдачи, чтобы номер последнего белка в списке совпал с количеством "хороших" гомологов.
- Является ли данная находка (E-value > 1) гомологом белка DhbE?
E-value показывает ожидаемое количество сходств, таких же или лучше исходного, которые могли бы быть получены случайным образом в базе данных заданного размера.
Выравнивание очень короткое (20 остатков), и хотя идентичность составляет 57%, это, вероятнее всего, является результатом случайного сходства. Функции белков также отличаются. Однако, нельзя исключать и далёкого родства, в случае которого мог сохраниться какой-нибудь высококонсерванивный нуклеотидтрифосфатсвязывающий кусок или что-то вроде того...
pdb|1SH0|A Structure related to 1SH0_A Chain A,
Crystal Structure Of Norwalk Virus Polymerase (Triclinic)
Length=510
Score = 30.8 bits (68), Expect = 1.4,
Method: Compositional matrix adjust.
Identities = 12/21 (57%), Positives = 15/21 (71%), Gaps = 0/21 (0%)
Query 17 RKNGCWAGETFGDLLRDRAAK 37
RKN CW GE+F L D+A+K
Sbjct 126 RKNDCWNGESFTGKLADQASK 146
- Разные интерфейсы BLAST.
на сайте EBI и на сайте Expasy
Краткий комментарий
EBI: среди бд нет nr, при поиске нельзя просто ввести acsession number, по умолчанию не стоит фильтр.
Expasy: оооочень медленный, выбор бд неочевидный, но результаты представлены удачно(только не пронумерованы, арр) и цветовая шкала логичная.