1. Эволюционные домены. БД Pfam, InterPro.

Выбранный участок выравнивания DhbE и его гомологов

Доменная структура белка DHBE_BACSU по данным Pfam

Cхема из Pfam:
Пояснения к схеме
№	Pfam AC	Pfam ID	Полное название семейства доменов	Положение в последовательности белка DHBE_BACSU	Клан
1.	PF00501	AMP-binding	АМФ-связывающие. Я не знаю, что здесь комментировать((	52–460	Клан ANL (CL0378), содержит 3 семейства

2. Данные о домене AMP-binding белка DhbE

• Домен входит в 987 архитектур
• Последовательность известна для 33 063 белков, содержащих домен.
• Для 24 разных белков, содержащих домен, определена пространственная структура всего белка.
• Выравнивание фрагментов белков, соответствующих домену:
  
  посмотреть тяжелую-тяжелую htm страничку
  msf
• По моему мнению выравнивание подтверждает гомологичность доменов, так как в нем присутствуют консервативные участки достаточной длины.

3. Доменная архитектура. Встречаемость доменов AMP-binding и Condensation в разных группах организмов.

Представленность домена PF00501(AMP-binding) в организмах разных видов

Таксон		Количество белков с доменом PF00501.
Эукариоты	Зеленые растения	173
	Грибы	184
	Животные	129
	Остальные эукариоты	51
Археи		78
Бактерии		2706
Вирусы		0

Домен AMP-binding наиболее широко представлен среди бактерий, внутри клады Эукариот распределён более-менее равномерно, у вирусов не обнаружен.

Представленность домена PF00668 (Condensation) в организмах разных видов

Таксон		Количество белков с доменом PF00668.
Эукариоты	Зеленые растения	6
	Грибы	87
	Животные	5
	Остальные эукариоты	9
Археи		6
Бактерии		1000
Вирусы		0

Домен Condensation наиболее широко представлен среди Бактерий, внутри клады Эукариот распределён неравномерно - примерно 80% приходится на кладу Fungi. У вирусов не обнаружен.

4. Белки Bacillus subtilis, в которых встречаются домены AMP-binding и Condensation

В белке DhbE есть всего один домен, поэтому мной для исслелования была выбрана следующая архитектура:

У Bacillus subtilis есть 4 белка с подобной организацией.

Представленность изучаемых доменов в белках Bacillus subtilis

№	PFAM ID	Bacillus subtilis
1	PF00501(AMP-binding)	89
2	PF00668 (Condensation)	64

Из 4244 изученных белков Bacillus subtilis (по данным Swiss-Prot), содержит домен PF00501(AMP-binding) около 2%, а домен PF00668 (Condensation) - 1,5%, что, по-видимому, немало.

5. Примеры разных доменных перестроек

AMP-binding и Condensation могут:

• встречаться по отдельности:

•  
•  
• располагаться с C- или N-конца:

•  
•  
• дуплицироваться и триплицироваться:

•  
•  
• переживать инсерцию другого домена:

•  
•  
• чередоваться 4 и более раз:

•  
•  

6. Сравнить описание мотивов в разных БД

InterPro

Описание мотивов

	Название	описан в БД	тип распознающего правила
Самый короткий	AMP_BINDING (PS00455)	PROSITE pattern	pattern
Самый длинный	DHB_AMP_lig (TIGR02275)	TIGRFAMs	Hidden Markov Models

Границы структурных доменов отличаются от границ доменов Pfam:

Pfam ID	границы доменов в InterPro	границы доменов в Pfam
AMP-binding	52–459	1–539