- Поиск мотивов программой MEME.
ememetext @myproteins.list memeout.txt temp.fasta -nmotifs 3
Найдено 3 мотива, как и было задано программе.
| № | Из 5 последовательностей найден в | координаты в DhbE | P-value для DhbE | длина мотива | E-value |
| 1 | 5 | 385 - 434 | 2.15 e-53 | 50 | 4.8 e-054 |
| 2 | 4 | 187 - 236 | 5.73 e-54 | 50 | 1.8 e-048 |
| 3 | 4 | 323 - 372 | 1.17 e-56 | 50 | 9.6e-044 |
- Сравнение блоков (частичных выравниваний), найденных MEME, c полным выравниванием, выданным muscle.
участок выравнивания muscle с блоками, выданными meme (гиперссылка)
- Поиск найденных мотивов в других последовательностях.
Для поиска использовались белки, имеющие домен AMP-binding.
| № мотива | Из 400 последовательностей нашелся в | 2 раза нашелся в |
| 1 | 308 | 8 |
| 2 | 175 | 6, и в одном случае 3 раза |
| 3 | 49 | 1 |
В 23 последовательностях нашлись все мотивы.
Выравнивание, взятое из Pfam, не везде соостветствует мотивам.
Ниже приведен пример несоответствия. Оранжевым помечены участки белков DHBE_BACSU и ENTE_ECOLI (верхняя и нижняя строчка соответственно), зеленым - мотив в выравнивании. В мотиве в столбце 380 напротив цистеина ENTE_ECOLI в DHBE_BACSU стоит серин, а в соответствующем ему столбце выравнивания из Pfam (помечен курсором мышки) стоит гэп, из-за чего следующие 13 остатков оказываются смещены относительно друг друга.
- Сервис MEME Suite
html-страничка, иллюстрирующаяя выдачу программы MEME (гиперссылка)
Коммнетарии:
MEME Suite визуализирует данные, выданные программой MEME: распределение консервативных участков, разные группы аминокислот по свойствам, положение мотивов в белке и прочее.