- Итеративный поиск программой PSI-BLAST по банку Swiss-Prot для аминокислотных последовательностеймбелков P18196, P0A832, P17265 и Р40871.
| ID белка | AC белка | Число итераций | Для первой итерации | Для последней итерации | ||||
| Число находок выше порога (0,005) | Худшее E-value выше порога | Лучшее E-value ниже порога | Число находок выше порога (0,005) | Худшее E-value выше порога | Лучшее E-value ниже порога | |||
| P18196 | MINC_ECOLI | 5 | 162 | 0,005 | 0,006 | 886 | 2e-05 | 0,15 |
| P0A832 | SSRP_ECOLI | 2 | 514 | 3e-10 | 5,6 | 514 | 5e-31 | 0,36 |
| P17265 | RP5M_RHIME | 4 | 14 | 0,001 | 0,005 | 25 | 9e-15 | 0,14 |
| P40871 | DHBE_BACSU | 4 | 585 | 0,005 | 0,017 | 633 | 5e-14 | 0,024 |
Для стабилизации списка для белка MINC_ECOLI 5 итераций было недостаточно, и количество находок выше порога (=0,005) постоянно возрастало. В случае SSRP_ECOLI хватило 2х итераций, а количество находок осталось неизменным. Для RP5M_RHIME и DHBE_BACSU до стабилизации было произведено 4 итерации, а количество находок изменилось не более, чем в 2 раза.
От итерации к итерации разрыв E-value у худшей находки выше порога и лучшей ниже порога в основном увеличивался, то есть достоверность находок увеличивалась.
E-value у самой лучшей находки увеличивался, а у "средней" - уменьшался.
- Поиск гомологов MINC_ECOLI с E-value ниже 0,001
При пороге 0,001 список находок для MINC_ECOLI стабилизировался после 3й итерации.
Максимальное значение порога в данном случае будет заключаться между 0,001 и 0,0015, так как лучшая находка ниже порога имеет E-value 0,001 с точностью до тысячных, и если порог опустить, то итерации будут вести себя по-другому.