Дано: неаннотрованный участок генома бактерии Streptococcus pneumoniae (штамм TIGR4 ctg00822).
Задача: определить, где в данном фрагменте закодированы белки, похожие на известные белки родственной бактерии (сенной палочки).
- Схематичное положение на данном фрагменте открытых рамок, для которых нашлись сходные последовательности в геноме B. subtilis.
Указан номер рамки и идентификатор самого близкого из найденных белков.
5'----[=> 2 (YESL), 919-1560]-----[=> 3 (DAPA), 1732-2646]--[=> 4 (GLK), 2667-3548]------[=> 8 (YQGF), 4618-6672]--[=> 9 (RECR), 6671-7000]-3' 3'-----------------------------------------------------------------------------------[<= 11 (YBBH), 3570-4418]------------------------------5'
- Сравнение взаимного расположения предполагаемых генов данного фрагмента и гомологичных им генов в геноме B. subtilis.
Исследуемые рамки находятся в пределах фрагмента в 7000 нуклеотидов, однако разброс по геному самых близких белков из B. subtilis составляет 600 000 нуклеотидов.
В геноме B. subtilis гены самых близких белков ориентированы так же, как и в исследуемых рамках, за исключением GLK и YQGF, которые имеют обратную ориентацию.
Гены GLK и YQGF расположены в геноме B. subtilis в пределах 10 000 нуклеотидов (относительно близко) и ориентированы согласованно друг с другом, однако нарушается их порядок следования, и вряд ли данное взаимное расположение является консервативным.
Ориентация рамок, соответствующих белкам GLK и YQGF в геноме Streptococcus pneumoniae
5'------[=> 4 (GLK), 2667-3548]------[=> 8 (YQGF), 4618-6672]-------------------3' 3'------------------------------------------------------------------------------5'
Ориентация GLK и YQGF в геноме B. subtilis
5'--------------------------------------------------------------------------------------------------------3' 3'--[<= 4 (GLK), 2570606-2571571]----------------------------------[<= 8 (YQGF), 2581771-2583921]---------5'