Упражнение 1
В сторону большой бороздки обращены атомы A30.N6, C6, C5, N7, C8.
В сторону малой бороздки обращены атомы A30.C4, N3, C2, N1.
Остальные атомы основания: A30.N9 - крепится к сахарофосфатному остову.
Эквивалентные атомы в А- и Z-форме обращены туда же.
Упражнение 2
|
A-форма |
B-форма |
*Z-форма |
Тип спирали (правая или левая) |
правая |
правая |
левая |
Шаг спирали (Å) |
28.03 |
33.75 |
43.50 |
Число оснований на виток |
11 |
10 |
12 |
Ширина большой бороздки |
7.98 |
17.22 |
7.20 |
Ширина малой бороздки |
16.81 |
11.69> |
18.30 |
Ширина бороздок измерялась для атома фосфора аденилового нуклеотида в дуплексах (GATC)*5 для А- и В-форм, гуанилового(большая бороздка) и цитидилового(малая) нуклеотидов в дуплексе (GC)*10 для Z-формы.
Число оснований на виток и шаг спирали измерялись также для атомов фосфора.
Упражнение 3
|
α P- O5' |
β O5' - C5' |
γ C5' - C4' |
δ C4' - C3' |
ε C3' - O3' |
ξ O3' - P |
χ O4'-C1'-N9-C4 - для пуринов |
A-форма |
-51.72 |
174.79 |
41.70 |
79.10 |
-147.83 |
-75.09 |
-157.20 |
B-форма |
-29,98 |
136.35 |
31.14 |
143.40 |
-140.77 |
-160.50 |
-98.30 |