- Укоренение в среднюю точку
Укоренение произошло в ту же ветвь, что и на правильном дереве (CLOB1 против всех).
Почему это нельзя укоренить деревья, построенные методом максимальной экономии?
Алгоритм максимальной экономии не оценивает длины ветвей.
Почему не имеет смысла укоренять дерево, построенное методом UPGMA?
Алгоритм UPGMA строит укорененные деревья.
- Использование внешней группы
Укоренение дерева с помощью внешней группы: ECOLI.
Получено программой fprotpars
То же дерево, но тривиальная ветвь ECOLI-против-всех не показана.
Укоренение произошло в ту же ветвь, что и на правильном дереве (CLOB1 против всех).
- Бутстрэп
Дерево, полученное после бутстреп-анализа, подтверждает второе из двух полученных алгоритмом максимальной экономии(см ниже).
+------------------------------- BACSU
|
+-------| +----------------------- GEOKA
| | |
| +--74.3-| +------- LACAC
| | +--91.0-|
| | | +------- CLOB1
| +--39.8-|
| | +------- STAA1
| +--71.8-|
| +------- STRPN
|
+--------------------------------------- LISMO
Деревья, построенные по алгоритму максимальной экономии.
+-------------- LISMO
!
+--4 +-- STRPN
! ! +--------6
! ! ! +-- STAA1
! +--5
! ! +----- GEOKA
1 +-----2
! ! +-- LACAC
! +--3
! +-- CLOB1
!
+----------------- BACSU
+-------------- LISMO
!
+--4 +----------- GEOKA
! ! !
! +--2 +-- STRPN
! ! +-----6
! ! ! +-- STAA1
1 +--5
! ! +-- LACAC
! +-----3
! +-- CLOB1
!
+----------------- BACSU
Ветви исходного дерева имеют следующую поддержку:
{LACAC, STRPN} против {CLOB1, STAA1, LISMO, BACSU, GEOKA} : 9.00
{CLOB1, LACAC, STRPN} против {STAA1, LISMO, BACSU, GEOKA}: 20.17
{CLOB1, LACAC, STRPN, STAA1} против {LISMO, BACSU, GEOKA}: 39.83
{CLOB1, LACAC, STRPN, STAA1, LISMO} против {BACSU, GEOKA}: 4.83