- Описание функции белка DhbE (DHBE_BACSU, P40871) с помощью аннотации Gene Ontology
Описание функции белка DHBE_BACSU в соответствии с GO-аннотацией
| Онтология GO (название словаря) | Количество разных ассоциированных терминов GO | Функция белка (краткое описание, близкое к тексту определения термина(ов) GO |
|
| Где? | Component | 2 | Цитоплазма (Все содержимое клетки, в том числе все внутриклеточные структуры, за исключением мембраны и ядра.) |
| Зачем, для чего? | Process | 2 | Метаболический процесс (Химические реакции и пути, включас синтез и распад, при промощи которых живые организмы осуществляют превращения веществ. Метаболические процессы обычно осуществляют превращения низкомолекулярных веществ, но также включают такие процессы как репликация и репарация ДНК, синтез и деградация белков. Метаболические процессы не включают единичную функцию или процесс, как-то: белок-белковые или лиганд-рецепторные взаимодействия.), биосинтез сидерофоров (химические реакции и пути, приводящие к синтезу сидерофоров, низкомолекулярных хелатов Fe(III), синтезируемых аэробными или факультативно аэробными бактериями при недостатке Fe(III) в среде. Образовавшийся комплекс имеет высокую стабильность и транспортируется с помощью специальных транспортных систем. Последующее извлечение из комплекса требует ферментативной активности.) |
| Молекулярный механизм? | Function | 5 | Связывание нуклеотидов (специфическое нековалентное связывание с нуклеотидом, соединением, состоящим из нуклеозида, связанным с орто- или олигофосфатом через любой гидроксил рибозы или дезоксирибозы ), связывание АТФ (специфическое нековалентное связывание АТФ, аденозин-5'-трифосфата), 2,3-дигидроксибензоиладенилатная активность (катализ реакции: 2,3-дигидроксибензоат + АТФ = 2,3-дигидроксибензоил-5'-аденилат + дифосфат), лигазная активность (катализ реакции соединения двух веществ, или двух групп одной молекулы, за счет энергии гидролиза дифосфатной связи в АТФ или схожем трифосфате), каталитическая активность (Катализ биохимических реакций при физиологических температурах. В биологически катализируемых реакциях, реагирующие вещества называются субстратами, а катализатор - ферментом или энизимом. Ферменты обладают способностью специфически связывать субстрат, и обычно целиком или большей частью состаят из белка, однако, каталитическая активность РНК также часто называется энзиматической.) |
| Специфичность? | - | - | - |
- 3 термина GO, ассоциированные с белком DhbE (DHBE_BACSU, P40871).
Описание терминов GO
| GO ID выбранного термина | Список синонимов | Список ближайших родительских терминов GO с указанием типа связи | Список ближайших дочерних терминов GO с указанием типа связи |
| GO:0005737 | - | part_of (inferred) cellular_component (GO:0005575) part_of (inferred) cell (GO:0005623) part_of (inferred) cell part (GO:0044464) part_of (inferred) intracellular (GO:0005622) is_a intracellular part (GO:0044424) |
cytoplasmic part (GO:0044444) part_of pole plasm (GO:0045495) is_a sarcoplasm (GO:0016528) is_a |
 |
|||
| GO:0019290 | alt_id: GO:0031178
alt_id: GO:0031180 narrow: siderochrome biosynthesis narrow: siderochrome biosynthetic process exact: siderophore anabolism exact: siderophore biosynthesis narrow: siderophore biosynthetic process, peptide formation narrow: siderophore biosynthetic process, peptide modification exact: siderophore formation exact: siderophore synthesis |
is_a (inferred) biological_process (GO:0008150)
is_a (inferred) biosynthetic process (GO:0009058) is_a (inferred) cellular process (GO:0009987) is_a (inferred) metabolic process (GO:0008152) is_a (inferred) cellular metabolic process (GO:0044237) is_a (inferred) peptide metabolic process (GO:0006518) is_a (inferred) cellular biosynthetic process (GO:0044249) is_a (inferred) cofactor metabolic process (GO:0051186) is_a (inferred) peptide biosynthetic process (GO:0043043) is_a cofactor biosynthetic process (GO:0051188) is_a nonribosomal peptide biosynthetic process (GO:0019184) is_a siderophore metabolic process (GO:0009237) |
achromobactin biosynthetic process (GO:0042861) is_a
chrysobactin biosynthetic process (GO:0042858) is_a ferricrocin biosynthetic process (GO:0031171) is_a pyochelin biosynthetic process (GO:0042864) is_a pyoverdine biosynthetic process (GO:0002049) is_a siderophore biosynthetic process from catechol (GO:0019540) is_a siderophore biosynthetic process from hydroxamic acid (GO:0019539) is_a |
 |
GO:0008668 |
exact: 2,3-dihydroxybenzoate-AMP ligase activity
exact: ATP:2,3-dihydroxybenzoate adenylyltransferase activity |
(2,3-dihydroxybenzoyl)adenylate synthase activity is_a (inferred) molecular_function (GO:0003674) 465005
(2,3-dihydroxybenzoyl)adenylate synthase activity is_a (inferred) catalytic activity (GO:0003824) 191339 (2,3-dihydroxybenzoyl)adenylate synthase activity is_a (inferred) transferase activity (GO:0016740) 53719 (2,3-dihydroxybenzoyl)adenylate synthase activity is_a (inferred) transferase activity, transferring phosphorus-containing groups (GO:0016772) 24991 (2,3-dihydroxybenzoyl)adenylate synthase activity is_a (inferred) nucleotidyltransferase activity (GO:0016779) 5868 (2,3-dihydroxybenzoyl)adenylate synthase activity is_a adenylyltransferase activity (GO:0070566) |
- |
 |
|||
- Описание протеома Staphylococcus haemolyticus JCSC1435, с использованием терминов GO.
Число белков протеома: 2640
Процент белков, которым приписан хотя бы один термин GO: 1770/2640=67%
C 981 F 2832 P 1501
Термины, которые встречаются чаще всего:
C: cytoplasm 256 integral to membrane 244 plasma membrane 167 membrane 81 intracellular 59 F: ATP binding 263 DNA binding 206 metal ion binding 105 sequence-specific DNA binding transcription factor activity 78 nucleotide binding 71 P: transcription, DNA-dependent 72 translation 63 transposition, DNA-mediated 45 proteolysis 40 regulation of transcription, DNA-dependent 39 transmembrane transport 39
Два самых часто встречающихся термина в словаре С - это "цитоплазма" и "встроен в мембрану", что логично, так как они одни из самых широких.
Самая частая функция - связывание АТФ - тоже логична, так как АТФ является энергетической "валютой" клетки.
Удивительно, что большая часть белков задействованы в процессах транскрипции, трансляции и транспозиции, а не в метаболизме.
- Получение выборки последовательностей белков с заданной функцией
Описание таксона:
Морская свинка, guinea pig, Cavia, род, 10140(id)
Переведите описание функции на английский и проведите поиск среди всех терминов GO на сайте консорциума Gene Ontology. Выберите самый подходящий идентификатор GO и проведите поиск всех белков из заданного таксона с таким идентификатором GO. В отчет внесите русское название функции, перевод его на английский, выбранный GO ID, словарь, к которому он относится, запрос к SRS, количество находок.Описание функции:
Биосинтез липидов, lipid biosinthetic process, GO:0008610, словарь - Biological Process
Запрос SRS:
([uniprot-Taxonomy:Cavia*] > ([uniprot-DbName:GO*] & [uniprot-DBxref:GO:0008610*])), одна находка.
>swissprot|P97275|ADAS_CAVPO Alkyldihydroxyacetonephosphate synthase, peroxisomal; MAEAAAAAAAAAAAGETSASSGSAAERDPDQDRAGRRLRVLSGHLLGRPQEALSTNECKA RRAASAATAAPTATPAAPESGIIPKKRQELMKWNGWGYNDSKFFLNKKGQLELTGKRYPL SGVALPTFKDWIQNTFGINLDHKTTSKASLNPSDTPPSIVNEDFLHELKKTNISYSQEAD DRVFRAHGHCLHEIFLLREGMFERIPDIVLWPTCHDDVVKIVNLACKYNLCIIPIGGGTS VSYGLMCPADETRTIISLDTSQMNRILWVDENNLTAHVEAGITGQELERQLKESGYCTGH EPDSLEFSTVGGWISTRASGMKKNIYGNIEDLVVHMKVVTPRGVIEKSCQGPRMSTGPDI HHFIMGSEGTLGVITEATIKIRPTPEYQKYGSVAFPNFEQGVACLREIAKQRCAPASIRL MDNQQFQFGHALKPQVSSIFTSFLDGLKKFYITKFKGFDPNQLSVATLLFEGDREKVLQH EKQVYDIAAKFGGLAAGEDNGQRGYLLTYVIAYMRDLGLEYYIIGESFETSAPWDRVVDL CRNVKERIRRECKEKGVQFPPLSTCRVTQTYDAGACIYFYFAFNYRGISDPLAVFEQTEA AAREEILANGGSLSHHHGVGKLRKQWLKESISDVGFGMLKSVKDYVDPTNIFGNRNLL