Мембранные белки
  1. Описание структуры 3х альфа-спиральных ТМ белков и 3х ТМ бета-баррелей

Таблица 1. Описание трансмембранных белков с известной 3D структурой

PDB код Тип
(спираль, баррель) 		Число цепей,
образующих одну ТМ единицу (баррель или набор спиралей) 		Число трансмембранных участков в ТМ единице Число остатков в одном трансмембранном участке
(типичное, минимальное, максимальное) 		Толщина мембраны в ангстремах Наклон спиралей/тяжей к нормали Какая мембрана, организм, "код транспортера", функция белка
3a3y спираль 3 13 18 и 22,9,22 31.9 ± 1.8Å 9 ± 0° Плазматическая мембрана, SQUALUS ACANTHIAS, 3.A.3.1.6, К+-Na+-АТФ-аза
1afo спираль 2 2 21 и 22, 21,22 31.9 ± 2.8Å 5 ± 6° Плазматическая мембрана, HOMO SAPIENS, нет id, эритроциты, трансмембранный белок
1ba4 спираль 1 1 25, 25, 25 6.0 ±0.3 Å 85 ± 5° Плазматическая мембрана, HOMO SAPIENS, 1.C.50.1.2, гликопротеин, бета-амилоидный пептид.
1a0s баррель 3 54 9, 4, 11 23.8 ±1.1 Å 0 ± 0° внешняя мембрана, 1.B.3.1.2, SALMONELLA TYPHIMURIUM, сахарозо-специфичный порин
1bxw баррель 1 8 9, 8, 11 25.4 ±1.5 Å 11 ± 1° наружняя мембрана,1.B.6.1.1, ESCHERICHIA COLI,трансмембранный белок
1fw3 баррель 2 12 8, 5, 11 23.9 ±1.0 Å 0 ± 0° наружняя мембрана,нет id, ESCHERICHIA COLI, фосфолипаза А



  1. Аннотация трансмембранных участков белка P24181

Результаты предсказания ТМНММ 


# swissprot_P24181_ACRF_ECOLI Length: 1034
# swissprot_P24181_ACRF_ECOLI Number of predicted TMHs:  12
# swissprot_P24181_ACRF_ECOLI Exp number of AAs in TMHs: 260.54891
# swissprot_P24181_ACRF_ECOLI Exp number, first 60 AAs:  21.70611
# swissprot_P24181_ACRF_ECOLI Total prob of N-in:        0.97501
# swissprot_P24181_ACRF_ECOLI POSSIBLE N-term signal sequence
swissprot_P24181_ACRF_ECOLI TMHMM2.0    inside       1    10
swissprot_P24181_ACRF_ECOLI TMHMM2.0    TMhelix     11    33
swissprot_P24181_ACRF_ECOLI TMHMM2.0    outside     34   336
swissprot_P24181_ACRF_ECOLI TMHMM2.0    TMhelix    337   359
swissprot_P24181_ACRF_ECOLI TMHMM2.0    inside     360   365
swissprot_P24181_ACRF_ECOLI TMHMM2.0    TMhelix    366   388
swissprot_P24181_ACRF_ECOLI TMHMM2.0    outside    389   391
swissprot_P24181_ACRF_ECOLI TMHMM2.0    TMhelix    392   414
swissprot_P24181_ACRF_ECOLI TMHMM2.0    inside     415   437
swissprot_P24181_ACRF_ECOLI TMHMM2.0    TMhelix    438   460
swissprot_P24181_ACRF_ECOLI TMHMM2.0    outside    461   469
swissprot_P24181_ACRF_ECOLI TMHMM2.0    TMhelix    470   492
swissprot_P24181_ACRF_ECOLI TMHMM2.0    inside     493   539
swissprot_P24181_ACRF_ECOLI TMHMM2.0    TMhelix    540   562
swissprot_P24181_ACRF_ECOLI TMHMM2.0    outside    563   868
swissprot_P24181_ACRF_ECOLI TMHMM2.0    TMhelix    869   891
swissprot_P24181_ACRF_ECOLI TMHMM2.0    inside     892   895
swissprot_P24181_ACRF_ECOLI TMHMM2.0    TMhelix    896   918
swissprot_P24181_ACRF_ECOLI TMHMM2.0    outside    919   922
swissprot_P24181_ACRF_ECOLI TMHMM2.0    TMhelix    923   945
swissprot_P24181_ACRF_ECOLI TMHMM2.0    inside     946   973
swissprot_P24181_ACRF_ECOLI TMHMM2.0    TMhelix    974   996
swissprot_P24181_ACRF_ECOLI TMHMM2.0    outside    997  1005
swissprot_P24181_ACRF_ECOLI TMHMM2.0    TMhelix   1006  1028
swissprot_P24181_ACRF_ECOLI TMHMM2.0    inside    1029  1034

Сравнение результатов по всем методам

ссылка на выравнивание

Комментарий:

В выравнивании нижние строки относятся к разметке самого белка и его гомолога мо данным Uniprot, предсказанию по методу TMHMM и по данным PDBTM для трех цепей гомолога (белок-гомолог P52002, по-видимому, является гомотримером со слегка разнящимся положением субъединиц). Буквами 'M' помечены участки, где совпали предсказания по всем методам.

Предсказания по разным методам, в общем, совпали. Данные о трансмембранных участках для двух гомологов по данным Uniprot полностью совпали. Предсказание TMHMM хорошо согласуется с данными Uniprot, однако, предсказанные трансмембранные участки в серднем шире. PDBTM предсказывает более узкие трансмембранные участки.



  1. Клетки и дыни

Размер эукариотической клетки - около 20 микрон, прокариотической - около 2 микрон, при толщине мембраны 8 нанометров в обоих случаях. Тогда дла эукариот соотношение диаметра к толщине мембраны составляет 2500 : 1, для прокариот - 250 : 1.

Если взять средний диаметр дыни 40 см, то для эукариотической клетки-дыни толщина мембраны будет составлять 0,2 миллиметра, для прокариотической - оклол 2х.



  1. Positive inside

Я проверяла парвило positive inside с помощью скрипта

ссылка на скрипт

Скрипт берет на вход файл Uniprot, в котором размечены участки, торчащие наружу и внутрь. Учитывает R, K и N-конец за '+', D,E и C-конец - за '-'. На куцой выборке из трех белков(P52002, Q9C4Z5, Q6J8I9) у всех внутри заряд был положителен, правда, снаружи отрицательный заряд был только у двух.





© Eugenia Zotova