- Оптимизация структуры порфирина с разной параметризацией.
Модели порфирина до (зеленая) и после (синяя) оптимизации MOPAC.
После оптимизации молекул порфирина становится плоской, как и должна. Рзницы между методами AM1 и MP6 на глаз не видно. По данным g_rms среднее квадратичне составлет 0.1 ангстрема. Скорее всего, для решения данной задачи можно эффективно применять любой их этих двух методов.
Исходные данные:
STATE ENERGY (EV) Q.N. SPIN SYMMETRY POLARIZATION
ABSOLUTE RELATIVE X Y Z
1+ 0.000000 0.000000 1+ SINGLET ????
2 1.913947 1.913947 1 TRIPLET ????
3 2.266563 2.266563 2 SINGLET ????
4 2.463851 2.463851 2 TRIPLET ????
5 2.824678 2.824678 3 TRIPLET ????
6 3.363044 3.363044 4 TRIPLET ????
7 3.390547 3.390547 3 SINGLET ???? 0.2400 0.1981 0.0014
8 3.669436 3.669436 4 SINGLET ???? 2.0068 2.4145 0.0189
9 3.871728 3.871728 5 SINGLET ???? 1.8344 1.5060 0.0107
Полученные значения длин волн, при которых происходят электронные переходы:
648 547 504 439 369 366 338 320
- Анализ геометрии хинона и его дианиона.
Структуры хинона (O=C1C=CC(=O)C=C1, синий) и его дианиона(зеленый). Атомы кислорода выделены цветом.
Наложение структур хинона и его дианиона. Дианион имеет онтосительно вытянутую структуру по оси кислород-кислород, что, по-видимому, связано с отталкиванием отрицательных зарядов на атомах кислорода.
- Переход тиминового димера в тимины при возбуждении системы
На рисунке представлены изображения последовательных стадий процесса перехода. Слева направо: до опимизации, после оптимизации (заряд=0), после оптимизации при зарде системы=2, снова оптимизация при заряде 0.
Энергии состояний:
TOTAL ENERGY = -3273.58217 EV
TOTAL ENERGY = -3253.90822 EV
TOTAL ENERGY = -3273.69653 EV
Возбужденное состояние не перешло при добавлении электронов в исходное, так как из-за отталкивания положительных зярядов тимины удалились друг отдруга в прострастве.