Добро пожаловать!

Описание ксилозоизомеразы из генома актиномицета Actinoplanes missouriensis.

Цель данного практикума — создать HTML-страничку белка и описать его характеристики и свойства, а так же описать нуклеотидную последовательность, которая ему соответствует, и ее окружение.

Описание ксилозоизомеразы

Информация о белке была получена с сайтов NCBI и ProteinDataBank. С сайта NCBI была взята нуклеотидная последовательность оганизма в формате fasta, из которой были извлечены все данные, а также и fasta-файл самого белка.

Таблица 1. Описание ксилозоизомеразы из генома актиномицета Actinoplanes missouriensis.
Идентификатор белка	BAL86255.1
Идентификатор генома	AP012319.1
Название белка	Xylose isomerase
Координаты гена в геноме	1107410..1108594
Длина гена (п.н.)	1185
Цепь	Прямая
Длина белка (а.о.)	394

С сайта NCBI был скачан fasta-файл с полным сиквенсом актиномицета. Из него была взята непосредственно аминокислотная последовательность.

Скачать последовательность

Этот белок является ферментом, катализирующим изомеризацию ксилозы, являющейся пентозой. Она позже может включаться в метаболизм актиномицета(например, в пентозофосфатный путь).

Геномное окружение белка.

Для получения этой картинки через сайт NCBI необходимо было найти координаты гена в графическом отображении последовательности и скачать ее в формате pdf, а затем преобразовать в png.

Ошибка отображения — Рисунок 1. Геномное окружение гена белка ксилозоизомеразы (идентификатор белка BAL86255.1). Изображение получено с помощью геномного браузера NCBI. На нем можно видеть стоп-кодоны генов, направление считывания (по прямой или обратной цепи), а так же старт-кодоны.

Было сложно, но я пытался. Делать это после посвята было ошибкой.