Характеристика сборки генома Arabidopsis thaliana
Название вида: Arabidopsis thaliana (Резушка Таля)
Картинка взята с этого сайтика.
Небольшое цветковое растение из семейства крестоцветных, которое на данный момент времени распространилось по всему земному шару, кроме Антарктиды. Типичный эфемероид, жизненный цикл данного растения проходит всего в течение 6 недель. Самоопыляющееся растение высотой 20-25 сантиметров.
Благодаря небольшим размерам, короткому жизненному циклу и маленькому геному данный вид является классическим модельным объектом. В мире имеется большое количество мутантов арабидопсиса, которые используются для различных исследований. Растение активно используется для изучения ABC-модели развития цветка у покрытосеменных. Гены этих классов кодируют определенные факторы транскрипции, которые вызывают специализацию тканей растения в чашелистики и лепестки (гены класса А), лепестки и тычинки (гены класса B), тычинки и плодолистики (гены класса С).
Число сборок генома: 91
Assembly name: Arabidopsis_thaliana_Kyo
AC(GenBank): GCA_902460305.1
Assembly level: Chromosome
Общая длина: 122,202,079
Число контигов/скэффорлдов: 230/184
N50 для контигов/скэффолдов: 9,129,088/24,260,780
L50 для контигов/скэффолдов: 6/3
Число аннотированных белков: -
Ссылка на публикацию с описанием проекта: ссылочка
Скачать последовательность одного из контигов в формате fasta: последовательность
Дата публикации сборки: 28/08/2019
CDS из вирусов
Текст запроса в NCBI: Lipothrixviridae[Organism] AND ("30000"[SLEN] : "40000"[SLEN]) .
Число находок в GenBank — 9, в RefSeq — 4.
В дальшейшем для работы использовался геном Sulfolobus filamentous virus 1 isolate S48.
AC нуклеотидной записи: MH447526
Латинское название и TaxID вида: Sulfolobus filamentous virus 1, Taxonomy ID: 2304198
Тип генома: DNA, linear, ds
Хозяин вируса: Thermophilic archaea from kingdom Creanarchaeota
Ссылка на файл с CDS-частью генома: файлик
Файл скачался с NCBI по GenBank ID.Ключи в таблице локальных особенностей
| repeat_region | Участок генома, содержащий короткие повторяющиеся последовательности. |
repeat_region 5566..5601
/note="REP1a"
/rpt_type=other
|
| mobile_element | Часть генома, содержащая мобильные элементы. |
mobile_element 15387..16731
/mobile_element_type="insertion sequence:IS186A"
|
| ncRNA | Не кодирующая белок РНК. |
ncRNA 16952..17006
/ncRNA_class="other"
/gene="sokC"
/locus_tag="b4413"
/gene_synonym="ECK0019"
/gene_synonym="sof"
/product="antisense RNA blocking mokC and hokC
translation"
/db_xref="ASAP:ABE-0047238"
/db_xref="ECOCYC:G0-9581"
/db_xref="EcoGene:EG31128"
|
| rRNA | Гены рибосомальных РНК. |
rRNA 223771..225312
/gene="rrsH"
/locus_tag="b0201"
/gene_synonym="ECK0201"
/product="16S ribosomal RNA"
/db_xref="ASAP:ABE-0000677"
/db_xref="ECOCYC:EG30090"
/db_xref="EcoGene:EG30090"
|
| tRNA | Гены транспортной РНК. |
tRNA 225381..225457
/gene="ileV"
/locus_tag="b0202"
/gene_synonym="ECK0202"
/product="tRNA-Ile"
/note="tRNA-Ile(GAU)"
/db_xref="ASAP:ABE-0000679"
/db_xref="ECOCYC:EG30045"
/db_xref="EcoGene:EG30045"
|
| misc_feature | Участок генома, роль которого не определена. |
misc_feature 257829..257899
/gene="crl"
/locus_tag="b0240"
/gene_synonym="ECK0241"
/note="gene fragment 1 of crl"
/pseudo
/db_xref="ECOCYC:G0-16684"
|
| misc_RNA | Транскрипт или РНК-продукт, который не может быть определен в какие-либо иные классы из-за неизвестной функции. |
misc_RNA 20611..20823
/gene="tboS"
/locus_tag="BSU_misc_RNA_1"
/product="T-box riboswitch specific of serine tRNA ligase"
/experiment="publication(s) with functional evidences,
PMID:1317842,9098041,12165569,12547201"
/note="Evidence 1a: Function from experimental evidences
in the studied strain; PubMedId: 1317842, 9098041,
12165569, 12547201; Product type n: RNA"
/function="16.3: Control"
|