Список идентификаторов
A4GALT; B3GALNT1; B3GALT5; FUT1; FUT2; GBGT1; GLA; HEXA; HEXB; HEXDC; NAGA; ST3GAL1; ST3GAL2; ST3GAL4; ST8SIA1.
Файл с идентификаторами: list29.txt.
GO Enrichment Analysis
Из 15 идентификаторов в анализ вошли 14 (один не был найден скорее всего из-за несоответствия идентификаторов).
GO выдает 82 находки, остальные были отсечены из-за низкого FDR.
Список десяти самых значимых находок:
Liposaccharide metabolic process (GO:1903509); carbohydrate metabolic process (GO:0005975); carbohydrate derivative metabolic process (GO:1901135); glycolipid metabolic process (GO:0006664); oligosaccharide metabolic process (GO:0009311); membrane lipid metabolic process (GO:0006643); glycoprotein metabolic process (GO:0009100); carbohydrate derivative biosynthetic process (GO:1901137) macromolecule glycosylation (GO:0043413); protein glycosylation (GO:0006486).
Все выбранные идентификаторы определяют белки-участники процессов метаболизма углеводов. Все узлы графа связаны отношениями связи и принадлежности метаболических процессов.
String
3D структуры предсказаны для всех белков, располагающихся в узлах графа. Исследуемые белки связаны друг с другом всеми типами взаимоотношений: как предсказанными, так и экспериментально определенными, в том числе отношениями коэкспрессии.
Белки полностью консервативны среди группы опистоконт, очень часто встречаются среди других эукариот. Некоторые белки появились у LUCA, так как находятся как среди эубактерий, так среди архей и эукариот. Часть белков появились у архей, и впоследствии были переданы эукариотическим организмам (как, например ST3GAL2). Часть белков впервые появилась у эукариотических организмов (ST3GAL1 и ST3GAL4), что может отражать развитие усложняющегося и комплексного метаболизма.
Коэкспрессионные отношения данных белков достаточно слабые у человека, за исключением генов FUT3 и FUT5. У других организмов число коэкспрессионных взаимодействий выше, чем у человека, хотя зависимость внутри них выражена слабее.
Human Protein Atlas
Для поиска и описания был выбран ген HEXDC.
Тут мы смотрим и на РНК, и на белок. Оказывается, что РНК гексозаминидазы является прогностическим маркером некоторых типов рака. Вообще, недостаточная работа данного фермента приводит к накоплению ганлиозидов в разных органах, что проявляется в форме тяжелых заболеваний, одно из которых — синдром Тея-Сакса.
Никакой специфичности экспрессии в определенных зонах мозга не наблюдается. Но зато из общего описания видно, что этот ген специфично экспрессируется в дендритных клетках
Для данного белка наблюдается определенная организация внутри клетки. Гексозаминидаза локализуется в митохондриях и фибриллярных участках ядра.
Экспрессия РНК и белка и их отношение друг к другу сильно зависят от конкретной ткани: так, в поджелудочной железе можно наблюдать наивысший уровень экспрессии РНК, однако уровень белка достаточно низок. Наивысший уровень белка наблюдается в легких, почках, ЖКТ и органах женской половой системы.
Ген транскрибируется во всех тканях человеческого организма, однако уровень этой экспрессии сильно различается между ними.