Практикум 1. Визуализация молекул в JMol

Ссылка на скрипт

Параметры водородных связей

# Название атома Длина связи(А) Угол O-H-N (°)
Альфа-спирали
1 N(497GLU) - O(493GLU) 3.02 157.9
2 N(327ASN) - O(324THR) 3.13 135.8
3 N(343TYR) - O(340LEU) 2.81 160.5
Бета-слои
4 N(465PHE) - O(448GLN) 2.94 149.6
5 N(395ILE) - O(345GLY) 2.84 166.6
6 N(431ARG) - O(419LYS) 2.89 158.8

Длина водородных связей в белках в основном лежит в диапазоне от 2.4 до 3.5 A со средним занчением 3.04 A [1]. Идеальным углом водородной связи является 180°, при этом водородной связью считается взаимодействие между атомами с углом N-H-O более 120° [2]. Все измеренные значения удовлетворяют этим условиям, средняя длина водородной связи равна 2,94, это значение близко к указанному в литературе [1].

Использованная литература

  1. Stickle DF, Presta LG, Dill KA, Rose GD. Hydrogen bonding in globular proteins. J Mol Biol. 1992 Aug 20;226(4):1143-59. doi: 10.1016/0022-2836(92)91058-w. PMID: 1518048.
  2. Arunan, Elangannan, Desiraju, Gautam R., Klein, Roger A., Sadlej, Joanna, Scheiner, Steve, Alkorta, Ibon, Clary, David C., Crabtree, Robert H., Dannenberg, Joseph J., Hobza, Pavel, Kjaergaard, Henrik G., Legon, Anthony C., Mennucci, Benedetta and Nesbitt, David J.. "Definition of the hydrogen bond (IUPAC Recommendations 2011)" Pure and Applied Chemistry, vol. 83, no. 8, 2011, pp. 1637-1641. https://doi.org/10.1351/PAC-REC-10-01-02