Практикум 15. Сборка de novo

1. Подготовка ридов

Были взяты риды из проекта с id: SRR4240378.

Для использования программы trimmomatic ILLUMINACLIP адаптеры из директориии /mnt/scratch/NGS/adapters были собраны в один fasta файл. Для удаления адаптеров была использована команда:

java -jar /usr/share/java/trimmomatic.jar SE -phred33 SRR4240378.fastq.gz SRR4240378_cleaned.fastq.gz ILLUMINACLIP:adapters.fasta:2:7:7

Для триммирования нуклеотидов с качеством прочтения ниже 20, и удаления ридов короче 32 нуклеотидов была использована команда:

java -jar /usr/share/java/trimmomatic.jar SE -phred33 SRR4240378_cleaned.fastq.gz SRR4240378_filt.fastq.gz TRAILING:20 MINLEN:32

После этих шагов из 4420587 ридов осталось 4154738, размер файла уменьшился с 91 до 84 Мб.

2. Сборка

K-меры были получены командой:

velveth velveth_1 31 -short -fastq SRR4240378_filt.fastq.gz

Контиги были собраны командой:

velvetg velveth_1

Ниже представллены некоторые характеристики полученной сборки:

N50: 8084

3 наиболее длинных контига:

1. ID: 8, длина: 36746, покрытие: 20.02
2. ID: 56, длина: 19371, покрытие: 20.55
3. ID: 18, длина: 18954, покрытие: 20.79

3. Анализ

Контиги были выравнены на геном бактерии Buchnera aphidicola (AC: CP009253) с помощью NCBI megablast с использованием опции: Align two or more sequences.

Контиг 8

Выравнялся кусочно в 7 местах на хромосому, характеристики ниже представлены для самого длинного выравнивания:

1. Длина: 8614
2. Координаты: 500370-508773
3. E-value: 0.0
4. Замены: 1756
5. Гэпы: 345

Контиг 56

Выравнялся кусочно в 2 местах на хромосому, ниже представлены характеристики для самого длинного выравнивания и карта локального сходства:

1. Длина: 9826
2. Координаты: 573092-582689
3. E-value: 0.0
4. Замены: 2148
5. Гэпы: 463

Контиг 18

Выравнялся кусочно в 3 местах на хромосому, ниже представлены характеристики для самого длинного выравнивания и карта локального сходства:

1. Длина: 7387
2. Координаты: 467412-474667
3. E-value: 0.0
4. Замены: 1491
5. Гэпы: 206