Практикум 2. A- и В- формы ДНК. Структура РНК
Задание 1
С использованием программы fiber пакета 3DNA были построены структуры трех форм ДНК с первичной структурой: последовательность GATC, повторенная 5 раз.
A-форма B-форма Z-формаЗадание 2
Для анализа была выбрана A-форма ДНК.
На рисунке ниже представлена формула тимина. Синим цветом окрашены атомы, смотрящие в сторону малой бороздки, красным цветом - в сторону большой бороздки.
Сравнительная характеристика трех форм ДНК
| A-форма | B-форма | Z-форма | |
|---|---|---|---|
| Тип спирали | Правая | Правая | Левая |
| Шаг спирали | 28,03 | 33,75 | 44,35 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки | 16,81 | 17,21 | 18,17 |
| Ширина малой бороздки | 7,98 | 11,69 | 6,95 |
Задание 3. Упражнение 2.
Была проанализирована структура водородных связей в молекуле тРНК 1gtr с использованием программ find_pair и analyze.
Координаты стеблей: акцепторный стебель (1-6 и 65-70), d-стебель (9-11 и 22-24), антикодоновый стебель (25-32 и 36-43), псевдоуридиновое плечо (48-52 и 60-64).
Неканонические пары: 53U-57A, 54U-17G, 36A-32U, 37U-31U, 43C-25A, 12A-44A, 13A-20A, 14G-47C.
Пары, не участвующие в образовании стеблей: 53U-57A, 54U-17G, 12A-44A, 13A-20A, 14G-47C, 18G-55C.