Практикум 6. Секвенирование по Сэнгеру

Задание 1

Для работы была выбрана программа UGENE.

Ссылки на файлы:

Характеристика хроматограмм

  • Прямая: нечитаемые участки - в начале: 41, в конце: 12 нуклеотидов. Средний уровень шума (определен визуально): 10%
  • Обратная: нечитаемые участки - в начале: 38, в конце: 14 нуклеотидов. Средний уровень шума (определен визуально): 15%

На обеих хроматограммах наблюдается увеличение уровня шума к её концу.

Участок 1. 50 нуклеотид автоматически не определился, определен по прямой последовательности как C.
Участок 2. 327 нуклеотид автоматически не определился из-за высокого уровня шума, определен по прямой последовательности как C.
Участок 3. Полиморфизм в позиции 213, в обратной последовательности определился как N, был исправлен на R (A или G) по прямой.
Участок 4. 78 нуклеотид автоматически не определился из-за высокого уровня шума, определен по прямой последовательности как T.

Задание 2

Плохой участок хроматограммы был взят из файла: WSWS2933_COI_F_A11_WSBS-Seq-1-08-15.ab1. На данном участке наблюдаются множественные полиморфизмы, что может свидетельствовать об ошибках, произошедших в процессе ПЦР.