Практикум 7. Нуклеотидные банки данных

Задание 1

Серый волк (Canis lupus) - вид хищных млекопитающих из семейтсва псовых. По современным представлениям является предком домашней собаки. Является одним из ключевых хищников в лесах, степях и тундрах Евразии и Северной Америки.

Источник: русскоязычная Wikipedia

Число сборок геномов: 17

Характеристики выбранной сборки:

  • Assembly name: mCanLor1.2
  • GenBank assembly accession: GCA_905319855.2
  • Assembly level: Chromosome
  • Длина последовательности: 2,447,463,909
  • Число контигов: 248
  • Число скэффолдов: 82
  • N50 и L50 для контигов: 34,375,412 и 25
  • N50 и L50 для скэффолдов: 65,778,685 и 15
  • BioProject: PRJEB43200

Ссылка на контиг: Контиг 15

Задание 2

  • Запрос: (Rudiviridae[Organism]) AND 30000:40000[Sequence Length]
  • Число находок: 24
  • AC: NC_030884
  • Латинское название: Sulfolobus islandicus rudivirus 3
  • TaxID: 1895333
  • Геном: линейная двуцепочечная ДНК
  • Хозяин: Sulfolobus islandicus (archaea)
Файл с CDS был получен нажатием на следующие поля: "Send to", "Coding sequence", "Format: FASTA Nucleotide".

Ссылка на файл: CDS

Задание 3.

mobile_element

Локус генома, содержащий мобильный элемент.

     mobile_element  308..1018
                     /mobile_element_type="insertion sequence:IS1541A-like"

AC: AE014075.1

rRNA

Ген, с которого транскрибируется рибосомальная РНК.

rRNA            240157..240276
                     /gene="rrfH"
                     /locus_tag="c5602"
                     /product="5S ribosomal RNA"
                     /note="Escherichia coli K-12 ortholog: b0205"
                     /function="RNA; Ribosomal and stable RNAs"

AC: AE014075.1

misc_feature

Регион генома, который не может быть описан другой локальной особенностью.

     misc_feature    complement(4247..4516)
                     /note="Truncated by IS26; orf6"

AC: JQ824049.1

repeat_region

Геномный локус, содержащий повторяющиеся элементы.

     repeat_region   complement(3233..3246)
                     /rpt_family="IS6100"
                     /rpt_type=inverted

AC: JQ824049.1

sig_peptide

Участок, кодирующий N-концевой сигнальный пептид.

     sig_peptide     4402..4467
                     /locus_tag="RHAB15C_0000004"
                     /inference="ab initio prediction:SignalP:005000"
                     /note="SP(Sec/SPI) (Probability: 0.845554), predicted
                     cleavage between residues 22 and 23 (IIA-SE) with
                     probability 0.7899"

AC: CP075585.1