Был выбран анализ функционального обогощения с использованием инструментов базы данных GO. Был проведен поиск списка белков по биологическим процессам, молекулярным функциям и клеточным компонентам. Выбирались настройки по-умолчанию (тест: точный тест Фишера, поправка на множественное тестирование: с сипользованием FDR). В результатах приведены название групп, ожидаемое количество генов, отношение наблюдаемого уровня представленности к ожидаемогу и p-value после поправки. Во всех результатах приведины самые специфичные (самые низкоуровневые) группы белков с FDR < 0.05.
| GO biological process complete | expected | Fold Enrichment | FDR |
|---|---|---|---|
| isopentenyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate pathway | .00 | > 100 | 3.28E-05 |
| cholesterol biosynthetic process via lathosterol | .01 | > 100 | 2.17E-07 |
| geranyl diphosphate biosynthetic process | .00 | > 100 | 3.44E-03 |
| dimethylallyl diphosphate biosynthetic process | .00 | > 100 | 3.35E-03 |
| farnesyl diphosphate biosynthetic process | .01 | > 100 | 5.45E-05 |
| cholesterol esterification | .01 | > 100 | 5.32E-05 |
| ketone body biosynthetic process | .01 | > 100 | 1.14E-04 |
| leucine catabolic process | .01 | > 100 | 1.28E-02 |
| macrophage derived foam cell differentiation | .01 | > 100 | 1.61E-02 |
| cholesterol catabolic process | .02 | > 100 | 4.05E-04 |
| negative regulation of amyloid-beta clearance | .01 | > 100 | 2.30E-02 |
| low-density lipoprotein particle clearance | .02 | > 100 | 7.04E-04 |
| intestinal cholesterol absorption | .02 | > 100 | 2.70E-02 |
| very-low-density lipoprotein particle assembly | .02 | > 100 | 2.67E-02 |
| cholesterol homeostasis | .15 | 27.53 | 3.48E-03 |
| fatty acid metabolic process | .54 | 11.11 | 3.43E-03 |
Большая часть результатов являются биохимическими процессами, относящимися к метаболизму липидов (синтез холистирола, синтез кетоновых тел, сборка частиц липопротеинов низкой плотности, процессы метаболизма жирных кислот и т. д.). Также присутстует процесс, относящийся к метаболизму аминокислот (катаболизм лейцина) и дифференцировке тучных клеток. Последнее также можно косвенно отнести к метаболизму липидов, так как тучные клетки формируются под действием липопротеинов низкой плотности.
| GO molecular function complete | expected | Fold Enrichment | FDR |
|---|---|---|---|
| isopentenyl-diphosphate delta-isomerase activity | .00 | > 100 | 7.75E-03 |
| hydroxymethylglutaryl-CoA lyase activity | .00 | > 100 | 7.05E-03 |
| geranyltranstransferase activity | .00 | > 100 | 6.46E-03 |
| dimethylallyltranstransferase activity | .00 | > 100 | 5.96E-03 |
| cholesterol O-acyltransferase activity | .00 | > 100 | 5.54E-03 |
| farnesyltranstransferase activity | .00 | > 100 | 7.59E-03 |
| sterol esterase activity | .01 | > 100 | 1.80E-02 |
| oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen | .07 | 68.81 | 2.65E-05 |
| oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors, NAD or NADP as acceptor | .05 | 62.64 | 6.03E-03 |
| NADP binding | .09 | 34.28 | 2.02E-02 |
| iron ion binding | .25 | 23.75 | 1.76E-04 |
| oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor | .21 | 18.92 | 1.65E-02 |
| heme binding | .23 | 17.06 | 2.02E-02 |
Большая часть молекулярных функий также относится к метаболизму липидов (геранилтрансферазная активность, стеролэстеразная активность). Также присутствуют функции ферментов, принимающих участие в окислительно-восстановительных реакциях (различные виды оксидоредуктазной активности, связывание NADP, связывание железа, связывание гема).
| GO cellular component complete | expected | Fold Enrichment | FDR |
|---|---|---|---|
| peroxisome | .24 | 29.23 | 1.37E-06 |
| endoplasmic reticulum membrane | 1.92 | 8.84 | 1.29E-09 |
Анализируемые белки расположены в пероксисомах и мембране ЭПР. Это также согласуется с предыдущими резльтатами, именно эти компоненты клетки принимают участие в метаболизме липидов, в частности, в пероксисомах происходит окисление жирных кислот.