Поскольку P.paraeruginosa изначально была описана как штамм в составе P.aeruginosa, было решено искать белки материнского таксона. Запрос:"(taxonomy_id:287)".
Было найдено 101,107 записей, из них 3,169 в Swiss-Prot. Я выбрал Экзотоксин А(TOXA_PSEAE,P11439), как один из самых высоко аннториуемых и с ключевой ролью в патагенном эффекте бактерии.
Экзотоксин А — НАД-зависимая АДФ-рибозилтрансфераза (EC:2.4.2.36).
Катализирует перенос АДФ-рибозильной части НАД+ на eEF-2, тем самым останавливая синтез белка у эукариот.
По запросу "(ec:2.4.2.36) AND (taxonomy_id:2)" я хотел найти белки эубактерий c такой же функцией, как и у Экзотоксина А. Поиск выдал 21 запись, лишь две из которых (включая сам Экзотоксин А) находятся в Swiss-Prot.
Далее я решил найти схожие по функции белки среди всех таксонов, исключая бактерий. ПОиск по запросу "(ec:2.4.2.36) NOT (taxonomy_id:2)" выдал две струкруры относящиеся к одному роду вирусов.
Так же я решил найти другие белки-пентозилтрансферазы у P.aeruginosa: "(ec:2.4.2.-) AND (taxonomy_id:287)". Было найдено 261 запись.