Поиск по белку из практикума 7 (Экзотоксин A), выдал лишь одну последовательность, поэтому был выбран другой белок: PVDR_PSEAE, участвующий в секрецию во внешннию среду сидерофора пиовердина.
Параметры поиска:
Поисковой запрос: Q9I191
Database: UniProtKB/Swiss-Prot(swissprot)
Algorithm: blastp (protein-protein BLAST)
Algorithm parameters:
Max target sequences: 100
Expect threshold: 0.05
Word size: 5
Max matches in a query range: 0
Matrix: BLOSUM62
Gap Costs: Existence: 11 Extension: 1
Compositional adjustments: Conditional compositional score matrix adjustment
Для выравнивания были выбраны следующие 5 белков (указаны ID): Q88F89.1; P75830.2; P58411.1; D3V7P2.1; D2BTK6.1
Белки можно считать гомологичными, так как у всех находятся консервативные участки.
Для исследования был взят полипротеин POLG_HAVGA из Human hepatitis A virus genotype IIIA (isolate GA76). Из него, для дальнейшего поиска, был вырезан Capsid protein VP1, с координатами 471-744.
Поиск c помощью Blast выдал 16 результатов, из которых были выбраны первые пять с E-value больше 0.0. Выравнивание в Jalview показало высокую идентичность, с болишими участками точных совпадений, поэтому белки можно считать гомологичными.
Поиск с применением фильтра по организмам не изменил числа находок.
Для находки P14553.2 без фильтра E-value было 3e-179, с фильтром: 1e-180. Таким образом, доля вирусных белков в Swiss-Prot примерно 3.33%