В этом практикуме исследовались карты локальных сходств, построенные для штаммов бактерии Pseudomonas aeroginosa с помощью blastn и megablast. Поиск осуществлялся по базе Genome NCBI. Были выбраны штаммы PAO1 ( NC_002516.2, референсная сборка ) и NCTC10332 (NZ_LN831024.1).
Алгоритмы выравнивания запускалиcь с стандартными параметрами.
Карты локальных сходств, построенные с помощью blastn и megablast почти не отличаются, кроме большего количества повторов, найденых blastn (многочисленные точки).
На изображении выше красная стрелка указывает на крупную перестройку — инверсию. Участок выделенный зеленым может быть небольшой дупликацией, других заметных отличий нет.