A-,B-,Z-формы ДНК, построенный с помощью программы fiber пакета 3DNA:
Z-форма ДНК (Z-форма с последовательностью GC x10)
Я определял ориентацию атомов тимина в B-форме ДНК.
В сторону большой бороздки обращены атомы:C4,O4,C5,C6,С7
В сторону малой бороздки обращены: N1,C2,N3,O2
| A-форма | B-форма | Z-форма | |
| Тип спирали | Правая | Правая | Левая |
| Шаг спирали (Å) | 28 | 33.8 | 43.5 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки | 16.8(12C-31T) | 17.2(A30-C8) | 18.3(C12-C26) |
| Ширина малой бороздки | 8(31T-4T) | 11.7 (C16-C29) | 7.2(G9-G35 |
Была исследована структура 1h3e.
Координаты стеблей:
1..7-72..66
49..53-65..61
36..44-33..26
10..14-25..21
Неканонические пары оснований:
54t-**--a58
55P-**+-G18
36A-**--U33
37A-**--C32
44U-*---G26
13G-**--A22
14A-**--A21
15G-**+-C48
20B:A-**--U:47H
47A:G-**--U:47B
Дополнительные водородные связи:
55P-**+-G18
15G-**+-C48
19G-----C56
47A:G-**--U:47B