С помощью поиска инвертированных повторов программой einverted (результат выдачи ) и алгоритма Зукера (в RNAfold WebServer) была предсказана вторичная структура тРНК.
Сравнение этих предсказаний с работой программы find_pair представлен в таблице.
| Позиции в структуре (по результатам find_pair ) | Результаты предсказания с помощью einverted | Результаты предсказания по алгоритму Зукера | |
| Акцепторный стебель | 1..7-72..66 | 1..7-82..76 | 1..7-82..76 |
| D-стебель | 10..14-25..21 | 0 | 10..12-26..24 |
| T-стебель | 49..53-65..61 | 0 | 59..63-75..71 |
| Дополнительная (V-) петля | 0 | 0 | 46..48-55..53 |
| Антикодоновый стебель | 36..44-33..26 | 0 | 27..32-45..40 |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 26 | 7 | 24 |
Была задана структура 1pp7.pdb
1.Скрипт для выделения множеств атомов.
2.Скрипт для последовательного изображения всей структуры.
| Контакты атомов белка с | Полярные | Неполярные | Всего |
| остатками 2'-дезоксирибозы | 5 | 23 | 28 |
| остатками фосфорной кислоты | 9 | 34 | 43 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 2 | 7 | 9 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 2 | 1 | 3 |
Как видно из таблицы, преобладают неполярные контакты белка с сахаро-фосфатным остовом.
Схема ДНК-белкоых контактов, полученная с помощью nucplot:
Согласно схеме, наибольшее число контактов с ДНК имеет Ser26.
Важным для распознаания ДНК является Asn81, поскольку он взаимодейстует с двумя азотистыми основаниями (по одному на каждой цепи).
