; pr1

Практикум 2: Алгоритмы филогенетической реконструкции

В этом практикуме были построены три филогенетических дерева на основе последовательностей цитохромов B.

Список с последовательностями белков:

seqret @cyb.list cyb.fasta

Получение выравнивания последовательностей:

muscle -align cyb.fasta -output cyb-alignment.fasta

Команда для реконструкции дерева с помощью FastMe c моделью p-distance:

fastme -i cyb.phy -o fastme_pdist_tree -pp

FastMe с моделью MtREV:

fastme -i cyb.phy -o fastme_mtrev_tree -pm

Реконструкция дерева программой IQ-Tree:

iqtree -s cyb.phy

Сравнение деревьев

FastMe (p-distance)

”kjhg” ”kjhg”
рис.1 Дерево на основе таксономии NCBI (сверху) и реконструкция с помощью FastMe (p-distance)

В отличии от дерева на основе таксономии, в реконструированном дереве JACJA не образует кладу с HUMAN и DAUMA, а вместо этого имеется ошибочная клада, отмеченная красной скобкой.

FastMe (MtREV)

”kjhg” ”kjhg”
рис.2 Дерево на основе таксономии NCBI (сверху) и реконструкция с помощью FastMe (MtREV)

Дерево, реконструированное с помощью метода MtREV имеет такие же клады, как и при использованнии p-distance, отличие состоит в длинне ветвей.

IQ-Tree

”kjhg” ”kjhg”
рис.2 Дерево на основе таксономии NCBI (сверху) и реконструкция с помощью IQ-Tree

Полученное дерево имеет куда больше ошибочных клад, чем предыдущие. FELSI и URSAM оказались сестрински ко всем (кроме LOXAF). CEREL образует кладу с BALMU и MEGNO, хотя должна с TRAJA.