; pr1

Практикум 3

1. Реконструкция дерева по нуклеотидным последовательностям

Для раннее выбраных животных были получены деревья на основе последовательности их малой РНК митохондриальных рибосом (12S rRNA). Для вида Tragulus не имелось размеченного митохондриального генома, поэтому вместо него взял Giraffa camelopardalis (GIRCA). Он не самый близкий к Tragulus, но топология относительно CEREL аналогичная.

Все деревья в практикуме строились с помощью FastME методом p-distance

”kjhg” ”kjhg”
рис.1 Дерево на основе таксономии NCBI (сверху) и реконструкция на основе 12S rRNA
”kjhg” ”kjhg”
рис.2 Дерево, реконструированное FastME на основе цитохрома b и реконструкция на основе 12S rRNA

У всех реконструкций проблемы с кладой (JACJA,(HUMAN,DAUMA));. В случае реконструкции по цитохрому b из клады выпадает JACJA, а для 12S rRNA все три вида не объединены. Таким образом реконструкция по цитохрому b ближе к дереву на основе таксономии.

2. Укоренение во внешнюю группу

Для укоренения использовался Гигантский кенгуру (Macropus giganteus — MACGI).

”kjhg” ”kjhg”
рис.3 Дерево на основе таксономии NCBI (сверху) и укоренное с помощью MACGI на основе 12S rRNA

Главная странность — LOXAF, находящийся в середине дерева. Также JACJA,HUMAN и DAUMA опять не объединены.

3. Бутстреп

”kjhg”
рис.3 Дерево на основе 12S rRNA, построенное с использование бутстрепа (100 реплик)

Полученный вес ветвей согласуется с правильностью их реконструкции. Например (GIRCA,CEREL) и (BALMU, MEGNO) имеет вес по 100, а между собой 87. Неправильно реконструированные ветви имеют меньший вес.