Практикум 4

1. Составление списка гомологичных белков, включающих паралоги

Для поиска гомологов белка CLPX_ECOLI были взяты протеомы бактерий со следующими мнемониками: ACICJ, AGRFC, AROAE, BARHE, BORPE, BRUSU, BURMA.

Протеомы были объединены в файл и далее был запущен поиск гомологов с помощью blastp:

blastp -query P0A6H1.fasta -db bac -evalue 0.0001 -out res_blastp.txt -outfmt 7

Файл с выдачей
”kjhg”
рис.1 Выдача blastp

2. Реконструкция и визуализация

Деревья были реконструированны программой iqtree и визуализированы в iTOL, укоренение производилось в среднюю точку. Формула Newick

”kjhg”
рис.2 Дерево, построенное с помощью iqtree. Цветами отмечены ортологические группы.

Пары ортологов: CLPX AROAE и CLPX AROAE; HSLU BARHE и HSLU BRUSU; A5FYD7 ACICJ и A0A0H2WJ72 BURMA.

Пары паралогов: CLPX AROAE и HSLU AROAE; CLPX BARHE и HSLU BARHE; CLPX AGRFC и Q7CT50 AGRFC.

”kjhg”
рис.3 Дерево со схлопнытыми группами. Группа CLPX отмечена синим, HSLU — зеленым.

В группе CLPX находятся белки, являющиеся АТФ-связывающими субъединицами проеиназы Clp. Представлены белки из всех выбранных видов. Имеются несоответсвия филогении: BRUSU, BARHE, AGRFC и ACICJ должны образовывать общую кладу. BURMA должен быть в кладе с BORPE, a не AROAE.

Групаа HSLU содержит белки, представляющие из себя субъединицу HSLU АТФазы. Белки нашлись для всех выбранных видов. Отличие от филогении в том, что ACICJ не в одной кладе с BRUSU, BARHE и AGRFC.

В группе, отмеченной красным, содержатся АТФ-зависимые цинк металлопротеазы FtsH. Белки нашлись только у 5 выбранных видов. Отличие в том, что BRUSU, BARHE, AGRFC и ACICJ должны составлять одну кладу.