Для исследования я выбрал сигнал полиаденилирования мРНК эукариот.
a. Название сигнала: сигнал полиаденилирования мРНК
b. Носитель сигнала: мРНК
c. Кому адресован: белок CPSF
d. Предназначение: терминация транскрипции. Белок CPSF связывается с сайтом полиаденилировани и разрезает незрелый транскрипт ниже места связывания. Далее полиА-полимераза нематрично достраивает поли-А хвост и останавливается, когда уже не может взаимодействовать с CPSF.
e. Сила сигнала: взаимодействие CPSF с РНК стабилизируется с помощью CstF, связывающимся с GU-богатым сайтом, расположенным downstream. Белок CFI, взаимодействующий с сайтом UGUAA ниже сайта посадки CstF также стабилизирует взаимодействие.
f. Пример сигнала: AAUAAA (В РНК)
g. Ссылки на литературу:
1.Rodríguez-Molina JB, Turtola M. Birth of a poly(A) tail: mechanisms and control of mRNA polyadenylation. FEBS Open Bio. 2023.
2. Balbo PB, Bohm A (2007). Mechanism of poly(A) polymerase: structure of the enzyme-MgATP-RNA ternary complex and kinetic analysis. doi:10.1016/j.str.2007.07.010
3. Viphakone N, Voisinet-Hakil F, Minvielle-Sebastia L (2008). Molecular dissection of mRNA poly(A) tail length control in yeast". Nucleic Acids Research. doi:10.1093/nar/gkn080
PolyApred: используется метод опорныx векторов (машинное обучение) для прогнозирования сигнала полиаденилирования в последовательности ДНК человека. Программа предназначена для того, чтобы оличить настоящий сайт от псевдо-полиА сайта. Страница сервиса
Входные файлы: последовательность ДНК человека в формате fasta.
Выдача: таблица с информацией о названии последовательности, длине входной последовательности, положении сайта, последовательности сайта, оценке (на основе окружения сайта) и результате прогнозирования (найденый сайт действительно сигнал полиаденилирования или это псевдо-полиА сайт).
POLYAH — программа доступная на веб-сервисе Softberry FGENESH++. Алгоритм прогнозирует потенциальное положение поли-А-участков с помощью линейных дискриминантных функций, объединяющих характеристики, описывающие окружение потенциального сайта. Страница сервиса
Входные файлы : последовательность ДНК в формате fasta.
Выдача : cписок предсказанных сайтов полиаденилирования с координат и веса оценки, присвоенного сайту.