Задание 1.Выбор семействa доменов из Pfam для анализа и его краткое описание
Для анализа я выбрала семейство ДНК-связывающего домена B3 (B3 DNA binding domain; AC - PF02362), которое соответсвует всем необходимым условиям.
В таблице 1, доступной по ссылке ниже, приведены формальные данные о семействе.
Это семейство растительных транскрипционных факторов, играющих различную роль в развитии. Домен B3 находится в транскрипционных факторах VP1/AB13.
Он состоит из 100-120 остатков, включает семь бета-нитей и две альфа-спирали, которые образуют ДНК-связывающую псевдобарельчатую белковую складку; он взаимодействует с большой бороздкой ДНК.
Данный домен распространен исключительно среди эукариот, приемущественно среди группы Viridiplantae. Но интересно, что встречаются единичные исключения - например по 3 в группах Haptista и Discoba, 1 в группе Opisthokonta.
Задание 3.Выравнивание seed с точки зрения гомологичности всех последовательностей или их подмножества
В таблице 2, доступной по ссылке ниже, представлено описание результатов анализа участков гомологичности последовательностей в выравнивании seed ДНК-связывающего домена B3
В ходе анализа было показано, что в выравнивании отсутсвуют максимальные достоверные блоки, включающие все последовательности. Максимальный достоверный блок, включающий не все последовательности и участок выравнивания, на котором нет основания считать, что выравнивание отражает ход эволюции представлены в проекту Jalview, который доступен по ссылке ниже.
Задание 5.Построение карты локального сходства (dotplot) двух последовательностей с одним и тем же доменом, но с разной доменной архитектурой
В таблице ниже представлена информация о выбранных доменных архитектурах.
Эти две доменные архитектуры содержат искомый домен по одному разу, что объясняет наличие 1 наклонной линии на Dotplot.
