Практикум 9

1.Глобальное парное выравнивание гомологичных белков

Таблица 1. Характеристики глобального парного выравнивания трёх пар белков

Protein	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels
Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha	ACCA_ECOLI	ACCA_BACSU	814.5	51.1%	66.0%	14	4
Catalase HPII	CATE_ECOLI	CATE_BACSU	1934.0	49.3%	62.4%	89	12
Chaperone protein DnaJ	DNAJ_ECOLI	DNAJ_BACSU	991.0	51.8%	67.0%	25	11

*для Bacillus subtilis указано рекомендованное название белка cate_bacsu - Catalase-2

2.Локальное парное выравнивание гомологичных белков

Таблица 2. Характеристики локального парного выравнивания трёх пар белков

Protein	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1	Coverage 2
Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha	ACCA_ECOLI	ACCA_BACSU	823.5	53.8%	69.6%	0	2	97.5%	94.8%
Catalase HPII	CATE_ECOLI	CATE_BACSU	1940.5	53.9%	68.1%	4	5	91.0%	99.3%
Chaperone protein DnaJ	DNAJ_ECOLI	DNAJ_BACSU	996.0	52.5%	68.0%	5	4	98.4%	99.2%

3.Результат применения программ выравнивания к неродственным белкам

Таблица 3. Характеристики глобального выравнивания двух белков

Protein1	Protein2	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels
6-phospho-beta-glucosidase BglB	Fatty acid metabolism regulator protein	BGLB_ECOLI	FADR_BACSU	27.0	5.9%	11.2%	426	9

Таблица 4. Характеристики локального выравнивания двух белков

Protein1	Protein2	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1	Coverage 2
6-phospho-beta-glucosidase BglB	Fatty acid metabolism regulator protein	BGLB_ECOLI	FADR_BACSU	37.5	25.5%	43.6%	13	2	8.7%	27.8%

Для анализа я выбрала следующие белки - BGLB_ECOLI и FADR_BACSU.

Данное выравнивание имеет намного меньший вес по сравнению с выравниваниями в заданиях 1 и 2, а также большее число гэпов и инделей и намного меньший процент сходства,что вполне логично, так как белки являются негомологичными.

4.Множественное выравнивание белков и импорт в Jalview

Для анализа я искала белки с мнемоникой функции DNAJ.Pекомендованное полное имя у E.Coli - Chaperone protein DnaJ. Всего было получено 597 результатов,из которыз были выбраны 5 следующих - DNAJ_YERPA, DNAJ_LEPBA, DNAJ_BACLD, DNAJ_BRUMB, DNAJ_EXIS2. Они пренадлежат соответственно Yersinia pestis, Leptospira biflexa, Bacillus licheniformis, Brucella melitensis, Exiguobacterium sibiricum.

Множественное выравнивание проводилось с помощью программы muscle на kodomo. Визуализация осуществлялась с помощью программы Jalview.

Все сравниваемые белки достаточно хорошо выровнились, что может указывать на их гомологичность. Визуально первая часть белков разных псоледовательностей имеет большую идентичность(1-80 столбцы) по сравнению с окончанием последовательностей, что может указывать на консервативный участок белков.

ссылка на проект в Jalview