Практикум 10

Поиск в нуклеотидных банках по аннотации. Выравнивание геномов

Для анализа я выбрала двух бактерий одного рода - Corynebacterium pseudotuberculosis(AC:CP021251.1) и Corynebacterium diphtheriae(AC:LN831026.1). Обе бактрии являются болезнетворными, первая вызывает псевдотуберкулёз(хроническое кожное заболевание круп ного рогатого скота), вторая - дифтерию.

Для поиска геномов был использован NCBI Genome. Были отобраны полностью собранные геномы.

Затем с помощью blastn и megablast на сайте NCBI была построена карта локального сходства.

1. Blastn

Были выбраны параметры по умолчанию (word size - 11; e-value - 0.05)

Рис 1.Blastn. Ось X - Corynebacterium diphtheriae(LN831026.1), ось Y - Corynebacterium pseudotuberculosis(CP021251.1)

1 - инверсия

2, 3, 4, 7 - вставка у LN831026.1 или делеция у CP021251.1

5, 6 - вставка у CP021251.1 или делеция у LN831026.1

2. Megablast

Были выбраны параметры по умолчанию (word size - 28; e-value - 0.05)

Рис 2.Megablast. Ось X - Corynebacterium diphtheriae(LN831026.1), ось Y - Corynebacterium pseudotuberculosis(CP021251.1)

1 - инверсия

2, 3, 4 - вставка у LN831026.1 или делеция у CP021251.1

Таким образом, blastn более чувствителен, позволил увидеть дополнительные индели на dotplot. Но помимо этого, с blastn на dotplot появляется больше шумов.