Задание 1.Предсказание вторичной структуры тРНК 1n78.
Предсказание вторичной структуры тРНК путем поиска инвертированных повторов
Для нахождения инвертированных повторов в нуклеотидной последовательности была использована программа einverted из пакета EMBOSS. Была использована следующая команда:
einverted -sequence 1N78.fasta -gap 12 -threshold 15 -match 3 -mismatch -4 -outfile einverted -outseq 1n78.outseq
Получены следующие результаты
>_3_7 cccca >_65_69 tgggg
Предсказание вторичной структуры тРНК по алгоритму Зукера с помощью ViennaRNA
| Поцизии по результатам find_pair | Предсказание einverted | Предсказание по Зукеру | |
|---|---|---|---|
| Акцепторный стебель | 1...7 - 72...67 | 3...7 - 69...65(5 пар из 7 существуют) | 1...7 - 72...67(7 пар, все существуют) |
| D-стебель | 10..13 - 25...22 | нет предсказания | 9...13 - 26...22(4 пары из 5 существуют) |
| T-стебель | 49...53-65...61 | нет предсказания | 49...53 - 65...61(5 пар, все существуют) |
| Антикодоновый стебель | 38...44 - 32...26 | нет предсказания | 39...43 - 31...27(5 пар, все существуют) |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 23 | 5 | 21 |
Задание 2 Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре
Упражнение 1
С помощью программы JMol были созданы скрипты:
скрипт 1 - определяющий множество атомов кислорода 2'-дезоксирибозы (set1), множество атомов кислорода в остатке фосфорной кислоты (set2), множество атомов азота в азотистых основаниях.
скрипт 1- изображение всей структуры, только ДНК в проволочной модели; той же модели, но с выделенными шариками множеством атомов set1, затем set2 и set3.
Упражнение 2
| Контакты атомов белка с | Полярные | Неполярные | Всего |
|---|---|---|---|
| остатками 2'- дезоксирибозы | 12 | 70 | 82 |
| остатками фосфорной кислоты | 21 | 27 | 48 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 0 | 16 | 16 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 9 | 7 | 16 |
Упражнение 3
С помощью программы nucplot была получена схема ДНК-белковых контактов.
Упражнение 4
Аминокислотный остаток с наибольшим числом указанных на схеме контактов с ДНК - Ser176.
Думаю, что наиболее важный для распознавания последовательности аминокислотный остаток - Met194, так как он имеет связь с азотистым основанием, тимином.
