Задание 1
Для анализа я выбрала Китайского Панголина (лат.Manis pentadactyla, англ. Chinese pangolin). Эти животные обитают в Юго-Восточной Азии. Основу их рациона составляют термиты и муравьи. Ведут ночной образ жизни, при опасности сворачиваются в бронированный клубок. Китайскому панголину в первую очередь угрожает браконьерство. Некоторые китайцы едят его мясо, а чешуя используется в качестве ингредиента в традиционной китайской медицине.
В гаплоидном наборе содержится 21 хромосома.
Поиск по NCBI Genome проводился по запросу "Manis pentadactyla". Было найдено 6 сборок. Была выбрана референсная - mManPen7.hap1 с уровненем сборки Chromosome.
Этот уровень сборки означает, что существует последовательность одной или нескольких хромосом. Это могут быть либо полностью секвенированнные хромосомы без гэпов, либо хромосомы, содержащие скэффолды и контиги с гэпами между ними.
Задание 2
| GenBank | GCA_030020395.1 |
|---|---|
| RefSeq | GCF_030020395.1 |
| Genome size | 2.8 Gb |
| Scaffolds | 661 |
| Scaffold N50 | 149.6 Mb |
| Scaffold L50 | 8 |
| Contigs | 1,044 |
| Contig N50 | 25.5 Mb |
| Contig L50 | 27 |
L50 — минимальное число контигов (скаффолдов), чья суммарная длина составляет не менее половины суммарной длины сборки.
N50 — длина контига (скэффолда), для которого половина всех нуклеотидов сборки содержится в контигах такой и большей длины
Сборка содержит 661 скэффолд, из которых минимум 8 составляют половину суммарной длины сборки, и из них самый короткий имеет длину 149.6 Mb. Ссылаясь на относительно небольшое значение N50, можно предположить, что это довольно неплохая сборка.
Задание 3
Скачаны файлы из базы Refseq через сайт NCBI FTP
Файлы оказались очень большими, поэтому прикрепляю ссылку с гугл диском
1.Нуклеотидные последовательности генома (в формате FASTA) - GCF_030020395.1_mManPen7.hap1_rna_from_genomic.fna.gz
2.Последовательности белков (в формате FASTA) - GCF_030020395.1_mManPen7.hap1_protein.faa.gz
3.Последовательности генома с аннотацией (GBFF) - GCF_030020395.1_mManPen7.hap1_genomic.gbff.gz
Содержит аннотацию генома(краткая информация о принадлежности генома, идентификатор, гены с их координатами)